北京林大:胡杨microRNA和靶基因研究

【字体: 时间:2013年05月16日 来源:联川生物

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  MicroRNAs(miRNAs)是内源性非编码小RNA,发挥重要的转录后调控作用。其可能调控盐胁迫的耐受性,但这在胡杨中尚未广泛研究。近期,北京林业大学林木育种国家工程实验室的尹伟伦教授和夏新莉教授共同领衔其团队,对胡杨中的microRNA进行了系统研究,研究成果发表在2013年2月刊的Plant Mol Biol上。

  

胡杨,是一种典型的湿盐生植物,能忍受荒漠中干旱的环境,对盐碱有极强的忍耐力,是木本植物中研究盐胁迫应答的理想模型。MicroRNAs(miRNAs)是内源性非编码小RNA,发挥重要的转录后调控作用。其可能调控盐胁迫的耐受性,但这在胡杨中尚未广泛研究。近期,北京林业大学林木育种国家工程实验室的尹伟伦教授和夏新莉教授共同领衔其团队,对胡杨中的microRNA进行了系统研究*,研究成果发表在2013年2月刊的Plant Mol Biol上。

本研究中,研究人员使用深度测序对盐胁迫处理的胡杨中小RNAome,降解组和转录组进行研究(联川生物提供二代测序服务)。研究发现了211个在毛果杨和胡杨间保守的miRNAs。此外,属于93个家族的162个新的miRNA,在胡杨中得到鉴定。降解组测序从实验上证实了属于51个鉴定miRNAs的112个靶基因(少部分在胡杨中先前已知)。转录组表达谱分析表明,在盐胁迫下15个 miRNA-靶基因的表达呈现相反的变化模式。

本研究表明,胡杨在盐胁迫下,可以发现一大批新的miRNAs,已知和新的miRNA都能功能性的剪切它们的靶mRNA。miRNA和靶基因的表达可以被盐胁迫相应地诱导,但它在胡杨中是一个复杂的过程。

* Li B, Duan H, Li J, Deng XW, Yin W, Xia X.(2013)Global identification of miRNAs and targets in Populus euphratica under salt stress 81(6):525-39[abstract]

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