NEB为微生物组测序推出新产品[新品推荐]

微生物组研究在这两年开展得如火如荼。去年6月，Nature、Science和Cell三大顶级期刊都公布了人类微生物组计划的最新成果。同时，肠道、阴道以及皮肤的微生物组研究成果也频频见报。

为了协助微生物组研究的开展，New England Biolabs（NEB）公司近日宣布推出NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit。该产品利用一种新颖的方法将微生物DNA与宿主DNA分离，从而将微生物组DNA的测序费用降低至更合理的水平。

在微生物组样品中，宿主DNA占了绝大部分，有时甚至高达99%。这为微生物样品的分析带来了难题，特别是微生物组DNA测序研究。微生物的测序读取仅占了极小的一部分。若想获得足够高的序列覆盖度，要么是费用上不允许，要么是技术上不可行。

NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit可有效去除高达98%的甲基化宿主DNA（包括人类DNA）。它采用MBD2-Fc蛋白（MBD2a蛋白的MBD结构域与人抗体重链的Fc部分融合）与CpG甲基化的双链DNA特异结合。之后通过蛋白A包被的磁珠捕获MBD2-Fc蛋白。而无CpG甲基化或极少CpG甲基化的微生物DNA仍保留在上清中，通过轻柔移液可回收。整个过程不到1个小时。经过富集的微生物DNA样品可立即用于下游分析，包括新一代测序、qPCR/PCR和DNA芯片分析。

整个流程分为4步，如下图。

第1步：制备基因组DNA
DNA应当不含蛋白、蛋白酶A、SDS和有机溶剂；大小最好≥ 15 kb。

第2步：将MBD2-Fc与磁珠混合
在室温下孵育10分钟。用Bind/wash Reaction Buffer洗涤磁珠2次。

第3步：在MBD2-Fc磁珠中加入DNA
在室温下孵育15分钟，轻柔混合。

第4步：收集上清部分（包含微生物DNA）和磁珠部分（包含宿主DNA）

NEB公司负责新一代测序的产品经理Fiona Stewart表示：“尽管微生物组全基因组测序能比其他方法（如16S分析）提供更多的信息，但由于宿主基因组DNA的存在，这种方法很难开展。NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit让大量富集非宿主的微生物DNA成为可能，同时保留了微生物多样性，从而改善了下游分析的质量和成本效益。”

NEBNext系列是专门针对NGS样品制备方面的产品，适合Illumina、454、Ion Torrent等多个平台。目前有超过40款产品，包括试剂盒、预混液试剂盒和模块试剂。（生物通 余亮）

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