千年基因总部Macrogen取得结肠直肠癌研究的重要成果

　　

千年基因的总部Macrogen长期致力于癌症基因组研究，并已在肺癌、胃癌等领域取得大量科研成果。近期Macrogen在结肠直肠癌的临床检测中取得重要成果，研究表明目标区域测序既可针对性地对特定疾病的相关基因区域进行更深入研究，又能有效提高此类疾病的临床诊断效率。

结肠直肠癌是胃肠道中常见的恶性肿瘤，其发病率和死亡率在消化系统肿瘤中仅次于胃癌、食管癌和原发性肝癌。导致结肠直肠癌的遗传学因素通常包括基因组不稳定性及微卫星不稳定性，前期大规模结肠直肠癌全基因组测序的结果表明，该疾病中点突变的发生概率远大于大片段拷贝数的变异，而KRAS基因突变是应用最多的结肠直肠癌检测分子标记。

由于现有诊断方法的局限性容易导致误诊，大多数患者的肿瘤在中后期才被发现，这将严重影响患者的治疗效果和生活质量。为了更好的将高通量测序技术应用于结肠直肠癌的临床诊断，Macrogen研究了目标区域测序对患者进行临床检测的可行性及可获取的遗传信息。

根据前期结肠直肠癌全基因组及外显子组测序的结果，本研究定制了包含183条疾病相关基因的芯片，分别对60例患者的癌组织及癌旁组织基因组DNA捕获后进行测序。捕获探针为120bp长度，整体捕获范围约1Mb，每个样本平均测序深度为175×。其中，癌组织样本平均测序深度为181×，癌旁组织样本平均测序深度为170×。通过对测序结果的分析，共发现了113个基因上的526个非同义体细胞突变，其中有166个SNV和25个InDel均为首次发现（见图1），发生突变最多的基因为APC、TP53、KRAS、TTN及FBXW7。此外，在85%的肿瘤样本中都发现了基因的拷贝数变异，共有132个基因（见图2）。其中，发生拷贝数增多最多的基因包括SRC、MAFB、TOP1、RECQL4及GNAS，除了RECQL4位于8q24区域以外，其他4个基因均位于20q 11-13区域；发生拷贝数减少的基因包括TP53、SMAD2、SMAD4、MAP2K4、BCL2、WRN及DCC等。定量RT-PCR和FISH的结果也证实了这一分析结果。

疾病基因组测序的大规模开展大力推动了个性化治疗时代的到来，如乳腺癌和胃癌的致病基因ERBB2（HER2）、非小细胞肺癌的致病基因EGFR已应用于疾病的早期诊断或靶向治疗。本研究将加深对结肠直肠癌遗传信息的了解，并为今后此类疾病的高效诊断及个性化治疗提供理论依据。

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图1. 总体变异信息

 
图2. 拷贝数变异

原文链接：

Targeted Sequencing of Cancer-Related Genes in Colorectal Cancer Using Next-Generation Sequencing.