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Globin-Zero,使血液RNA Seq研究更简便高效[新品推荐]
【字体: 大 中 小 】 时间:2013年07月19日 来源:
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由基因公司代理的Epicentre品牌 (an illumina company)一向致力于为RNA-Seq研究提供更好的产品。Epicentre在2013年正式推出Globin-Zero™ Gold Kit及ScriptSeq™ Complete Gold Kit (Blood),可去除血液RNA中的rRNA和球蛋白mRNA,及构建方向性文库,使血液RNA Seq更简单。
转录组测序已成为转录组信息研究、发现新转录本、新的可变性剪切的重要手段。但总RNA中含有大量的核糖体RNA,不利于转录组序列的研究。使用poly(A)富集mRNA不仅需要大量的起始样本总RNA,还存在着不能捕获全部的RNA(如miRNA和lncRNA)、核糖体RNA残留度高、仅适用于高完整度RNA样本和真核生物等多方面缺陷。全血RNA样本则更具有挑战性:由于球蛋白mRNA占总mRNA的76%以上。因此,如果不将球蛋白mRNA和核糖体RNA全部去除,会对低丰度转录本的分析造成严重的影响。
Globin-Zero™ Gold Kit可以去除血液RNA中的细胞质核糖体RNA、线粒体RNA和成熟的球蛋白mRNA,有效的富集其他编码RNA和非编码RNA,为全转录组研究提供更丰富的信息量。
Globin Zero™ Gold kit特点:
• 可用于降解的血液RNA
• 简便的磁珠法操作,90分钟即可完成
• 可以去除完整的或者降解的血液RNA (人、大小鼠样本)中的核糖体RNA和球蛋白mRNA:
成熟球蛋白mRNAs |
细胞质rRNA |
线粒体 rRNA | ||
Hba-a1 |
Hbg2 (human) |
28S |
5.8S |
16S |
Hba-a2 |
Hbb-b1(mouse) |
18S |
5S |
12S
|
Hbb |
Hbb-b2 (mouse) |
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Hbg1(human) |
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比较经Globin-Zero(下图蓝色曲线)和Ribo-Zero(下图红色曲线,为Epicentre公司产品,去除真核生物的核糖体RNA)处理同一样本的Bioanalyzer结果,表明Globin-Zero可以完全去除球蛋白mRNA。
同时Epicentre还提供将Globin-Zero和文库构建试剂整合在一起的ScriptSeq™ Complete Gold Kit (Blood)。该产品仅需100 ng总RNA,在4小时内即可完成方向性文库的构建。
ScriptSeq™ Complete Gold Kit (Blood)的样本制备流程:
使用5 μg的人全血总RNA(下图A)或红细胞RNA(下图B),使用ScriptSeq Complete Gold Kit (Blood)处理后,经GAIIx测序。结果中核糖体RNA和球蛋白mRNA所占比例非常低: