数字PCR助力定制细胞系的开发[创新技巧]

Horizon Discovery是英国一家生物技术公司，它采用同源重组的方法来生产改造的细胞系，应用在科研、药物开发和检测以及转化医学等领域。它们的产品包括根据研究人员的具体要求而定制的细胞系，这些体外疾病模型包含了突变型和野生型等位基因。这些工具的有效性在很大程度上取决于其准确性。

然而，检测这些模型中突变等位基因的确切浓度并不是件容易的事。为了在交货前验证产品，Horizon Discovery不得不采用Sanger测序，这需要大约20%的突变丰度。此外，Sanger测序方法也不是定量的，只能提供相对结果。这些限制意味着这些细胞系无法彻底验证。

于是，Horizon Discovery开始采用Bio-Rad公司的QX100 ddPCR系统来解决这一问题。同时，他们发现这一系统还能提高工作流程的效率。

Horizon Discovery细胞基因分型小组的主管Christopher Thorne表示：“微滴式数字PCR很容易设置和开展，让我们能够更高效地验证我们的产品。对于拷贝数和SNP分析，这一技术绝对好用。我们开发分析的准确性和速度一直是很宝贵的。”

利用QX100系统，Horizon Discovery能够对改造细胞系中的突变DNA进行绝对定量，而不是估计，让他们能更好地满足客户的需求。Thorne认为：“我们从ddPCR中获得的所有额外信息非常有用，帮助我们选择最好的克隆提供给客户。”

QX100 ddPCR系统也改变了该公司的基因编辑流程，让AAV载体能够更好地靶定。之前，Horizon Discovery比较其载体的过程费时费力，需要几个星期才能完成。现在，他们利用ddPCR来评估多个感染细胞中的靶定水平，能够定量细胞中野生型相对突变型等位基因的相对比例。

Thorne认为，使用ddPCR改善了载体靶定系统，让一个三周的过程变为一个下午的工作。

QX100 ddPCR采用精密的微流体技术，可将每个样品分隔成20000个纳升级油包水微滴，每个微滴作为独立的反应器而单独检测分析，使得QX100成为稀有事件检测的理想工具。与定量PCR相比，它带来了更精确的答案，同时，无需建立标准曲线。这些特点让数字PCR技术在近年来被迅速采用。（生物通 余亮）

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