CerealsDB公布小麦高密度820K和育种35K Axiom 芯片信息

【字体: 时间:2014年11月18日 来源:Affymetrix

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  Breeders的35K Axiom®芯片是一个更容易管理、更便宜且高效的系统,适合筛查大量品系,尤其适合那些处理六倍体小麦的研究人员。96和384孔板的“Breeders Axiom芯片”。这种芯片目前可提供96和384孔板的形式,包括820K芯片的一部分子集,其探针是根据图谱位置、PIC值以及它们在各个种质中的实用性来选择的(全球范围的)。

  

WISP项目很荣幸在此向科学界提供有关最近发布的820K小麦Axiom®芯片和Breeders的35K Axiom®芯片的一些背景信息,作为我们承诺公开研究结果的协议之一。通过点击下面的链接(http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/axiom_download.php),您将获得授权访问BA(Bristol Axiom)设计、Affymetrix设计、相关的BS(Bristol SNP)设计(如果存在的话),以及连同SNP位点信息在内的探针序列。

如同GrainGenes公告栏最新的声明所指出,一旦我们已实现了适当的质量控制,且当我们能将其形成合适的格式,芯片上的所有进一步信息(序列、图谱位置等)都将公开。我们希望这将在未来的几个月实现,但我们的资源有限,因此需要一定的时间。不过,好消息是820,000 2-PEG Axiom® 芯片将在三月底之前由Affymetrix交付。这种略微的延迟是必要的,因为Affymetrix需要时间来创建货号、数据表,以及有效使用芯片所需的其他支持工具。当上述条件到位,即可向Affymetrix进行预订发货。Affymetrix此种芯片的最小订单量为92或192个样本。关于价格咨询,请联系Affymetrix的当地机构。

请注意,为了公平对待参与芯片开发的研究人员(包括Affymetrix公司的那些参与人员),我们已与Affymetrix公司达成协议,使用820,000芯片的任何人都必须同意:必须等到相关的Bristol文章被接受发表,或者到2015年1月1日以后(以先到者为准),才可发表任何由使用该产品所得到的结果。

尽管Bristol对Axiom®平台有着高度评价,但我们并不是要推荐任何人使用820,000芯片——它会产生大量的数据,它很昂贵,也非常难于评估,因为它是为WISP项目的使用而设计的。如果您选择使用此芯片,请记住Bristol无法支持您的数据分析,在您可能遇到任何问题时Bristol无法承担任何形式的责任。820K芯片对科学界开放,仅仅因为这是我们获得资助的一个条件。

Breeders的35K Axiom®芯片是一个更容易管理、更便宜且高效的系统,适合筛查大量品系,尤其适合那些处理六倍体小麦的研究人员。96和384孔板的“Breeders Axiom芯片”。这种芯片目前可提供96和384孔板的形式,包括820K芯片的一部分子集,其探针是根据图谱位置、PIC值以及它们在各个种质中的实用性来选择的(全球范围的)。

如欲打开/下载820K小麦Axiom®芯片的探针集,请点击此处,http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/Excel/affy_820K_array_data.csv

如欲打开/下载Breeders的35K Axiom®芯片的探针集,请点击此处,http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/Excel/35K_array/genotype_calls.xlsx。人们也可以下载研究中所使用的品系(品种)列表(http://www.cerealsdb.uk.net/cerealgenomics/CerealsDB/Excel/35K_array/plate_1_and_2_details.xlsx)。NB)利用Affymetrix Genotyping Console建议的QC指标(0.82 DQC,97 QC 检出率)对基因型进行打分;基因型检出的分配如下:

0 = AA, 1 = AB, 2 = BB, -1 = No call

当两个不同来源的样本共享同一名称时,通过添加供应商的首字母作为后缀可以区分。

最后一个请求,正如我们之前的所有数据一样,WISP公开其数据,使之能够到达那些能最佳利用它们的人员手中——包括育种人员和研究人员。如果您是利用WISP数据的群体中的一员,包括BS和BA标记,请务必记住在会议或文章中介绍您的研究结果时,请致谢探针的来源。

立即索取小麦Axiom基因分型芯片的更多信息

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