芯片未消亡 前景更美好

【字体: 时间:2014年12月19日 来源:生物通

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  新一代测序技术在最近五年飞速发展,这吸引了不少人的目光,也使得原本红火的芯片技术沉寂了不少。早些年,有人甚至预言,芯片技术面临消亡。诚然,在某些方面,新一代测序让芯片失色,但就很多应用而言,芯片仍然是不可取代的。GEN网站近日发表了一篇题为“芯片不会消亡”的专题报道,介绍了芯片的独特优势。

新一代测序技术在最近五年飞速发展,这吸引了不少人的目光,也使得原本红火的芯片技术沉寂了不少。早些年,有人甚至预言,芯片技术面临消亡。诚然,在某些方面,新一代测序让芯片失色,但就很多应用而言,芯片仍然是不可取代的。GEN网站近日发表了一篇题为“芯片不会消亡”的专题报道,介绍了芯片的独特优势。

大样本量

文章作者Lisa Heiden认为,芯片能够在单个实验中同时分析数千个参数,是大样本量应用的理想选择。Arrayit的总裁兼首席科学官Mark Schena说:“一块新生儿筛查芯片每次能够检测1000个婴儿的80种不同疾病,也就是一次进行80,000个检测。”

Affymetrix表达业务部门的高级副总裁Daniel St. Louis博士认为:“对于需要大量样本、快速周转、精确数据或经济效益的基因组研究而言,芯片是完美的选择。临床应用,比如生殖健康(产前、胚胎植入前和产后)、肿瘤(实体瘤和血液肿瘤)和移植的遗传学分析,都是很好的例子,对它们来说时间、数据准确和经济性都是很重要的。”

常规应用

St. Louis博士还提到,随着实验室的新发现进入临床或常规应用,芯片在转化科学中扮演着重要的角色。Illumina的高级市场经理Daniel Peiffer博士也表示:“过去几年,我们看到了芯片的华丽转身。”

这两位博士都指的是农业和食品行业,在分子标记辅助育种项目中,大量样本必须快速高效地筛选。事实上,目前已有多款芯片支持农作物和牲畜的基因分型。此外,利用芯片来筛查转基因生物(GMO)也在发展阶段,也许有一天它会变得常规。

诊断检测

作者认为,芯片从一开始就被用于研究疾病中涉及的遗传因素,而它们在临床领域的应用是转化科学中最成功的故事之一。安捷伦科技的全球产品经理Nicole Ellis-Ovadia表示,比较基因组杂交(CGH)芯片是研究全基因组拷贝数变化的金标准。“CGH芯片可与核型分析和表型分析结合使用,以了解遗传异常,特别是那些与发育迟缓相关联的。”

Affymetrix的CytoScan Dx Assay在今年年初获得了美国FDA的批准。这种芯片可以帮助鉴定出儿童发育迟缓或智力残疾的可能原因,让医生和家长对其进行干预。此外,Affymetrix还推出了OncoScan FFPE Assay Kit。它能够对来自FFPE组织的80 ng DNA开展全基因组的拷贝数分析。

亦敌亦友

说到芯片,也不可避免地要提到NGS。在学术期刊、报章杂志上,人们总在反复问同一个问题:为什么不全部测序,而是要使用更加靶向的芯片技术?在很多情况下,答案是测序和芯片似乎只能是对手。而实际上,它们也能强强联合,优势互补。

安捷伦科技负责基因调控的全球产品经理Kevin Poon博士指出:“无论是NGS、芯片还是其他的基因组技术,[每种工具]都有独特的优势。对于NGS而言,它不需要任何先验序列知识,是一种强大的发现工具。相比之下,大量分子诊断检测利用数据驱动的技术(PCR)和芯片开展,这也不足为奇。”

与NGS相比,芯片更便宜,也更快获得结果。此外,芯片不存在NGS的数据分析负担。对于NGS所产生的海量数据,人们正在开发专门的计算方法。“NGS和芯片这两种技术,与其说是竞争的,不如说是互补的。通过NGS发现的新序列正成为芯片上的丰富内容,”Schena博士补充道。

安捷伦科技负责NGS和基因调控的全球营销总监Yong Yi认为miRBase microRNA数据库就是个很好的例子。“当NGS被广泛采用后,这个数据库才开始快速增长。随着NGS结果反馈到数据库,人们挖掘出新的转录本,产生microRNA芯片用于后续研究。”

“关键是在合适的应用中使用合适的工具,”St. Louis博士总结道。“无论出现什么其他的技术,总有芯片适合的应用。”(生物通 余亮)

原文检索

Special Report: Microarray Not Fade Away

Lisa Heiden

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