证实基因组测序成功鉴定癌症相关突变

最近，UT西南医学中心的癌症研究人员表明，全基因组测序可以用来确定患者遗传性癌症的风险，这可能会促进癌症的预防、诊断和护理。这项研究首次采用全基因组测序来评估258名癌症患者的基因组，以提高癌症诱发突变的诊断能力。相关研究结果发表在12月份的《EBioMedicine》杂志。

　　

生物通报道：最近，UT西南医学中心的癌症研究人员表明，全基因组测序可以用来确定患者遗传性癌症的风险，这可能会促进癌症的预防、诊断和护理。延伸阅读：全外显子组测序接近成为“新家族史”

这项研究首次采用全基因组测序来评估258名癌症患者的基因组，以提高癌症诱发突变的诊断能力。相关研究结果发表在12月份的国际期刊《EBioMedicine》。

UT西南医学中心遗传学项目主任、内科医学教授Theodora Ross博士说：“全基因组测序是一种新的遗传学工具，可比以往确定一个人更多的DNA序列。我们的研究结果表明，临床上发现的突变有近90%是确信检测到的，另外还发现了其他的癌症基因突变，加之全基因组测序相关成本的降低，从而意味着这种方法将能够改善患者的护理，也会促进发现新的癌症基因。”

UT西南医学中心癌症遗传学诊所的医生和遗传咨询师，帮助患者评估他们对许多类型癌症的发展风险，包括肾癌、皮肤癌、肺癌、乳腺癌、卵巢癌、结肠癌、内分泌和前列腺癌。如果一种已知的癌症遗传倾向被发现，那么Ross博士和她的研究小组就建议患者选择早期检测癌症的最佳途径，或者更好的是，预防癌症的不断生成。

大约5%到10%的癌症是由遗传基因突变引起的。这些突变经一代一代遗传下来。BRCA1和BRCA2基因突变是遗传性乳腺癌的最常见原因。BRCA基因突变最为人称道的是它们的乳腺癌风险，但是它们也会导致卵巢癌、前列腺癌、胰腺癌和其他癌症的风险增加。此外，有许多不同的基因，包括ATM、CDH1、CHEK2、PALB2、PTEN和TP53，与乳腺癌风险增加有关，研究人员还在不断发现更多可能影响癌症易感性的基因。

在这项研究中，研究人员开发了新的方法，来分析全基因组测序所产生的大量数据。具体而言，Ross博士的研究小组设计了一种方法，将携带BRCA1或BRCA2突变的患者与不携带BRCA突变的患者进行对比。所有预期的BRCA1和BRCA2突变在BRCA患者当中都被检测到，至少有88.6%的突变是确信检测到的。相反，在不携带BRCA突变的患者当中发现了不同的癌症基因突变。

Ross博士说：“结果表明，全基因组测序可以在非BRCA‘神秘’患者中检测到新的癌症基因突变，表明附加值全基因组测序将来可用于癌症诊所。”但是，为了能够解释所发现突变的确切临床学意义，我们还需要进一步的调查研究。

Ross博士指出：“神秘患者是那些有强烈癌症家族史的人，但是经过标准遗传检测后，并没有做出遗传诊断。在这项研究中，测序可让我们在这些神秘患者当中发现新的候选癌症基因突变。”

（生物通：王英）

生物通推荐原文摘要：
Use of Whole Genome Sequencing for Diagnosis and Discovery in the Cancer Genetics Clinic
Abstract: Despite the potential of whole-genome sequencing (WGS) to improve patient diagnosis and care, the empirical value of WGS in the cancer genetics clinic is unknown. We performed WGS on members of two cohorts of cancer genetics patients: those with BRCA1/2 mutations (n = 176) and those without (n = 82). Initial analysis of potentially pathogenic variants (PPVs, defined as nonsynonymous variants with allele frequency < 1% in ESP6500) in 163 clinically-relevant genes suggested that WGS will provide useful clinical results. This is despite the fact that a majority of PPVs were novel missense variants likely to be classified as variants of unknown significance (VUS). Furthermore, previously reported pathogenic missense variants did not always associate with their predicted diseases in our patients. This suggests that the clinical use of WGS will require large-scale efforts to consolidate WGS and patient data to improve accuracy of interpretation of rare variants. While loss-of-function (LoF) variants represented only a small fraction of PPVs, WGS identified additional cancer risk LoF PPVs in patients with known BRCA1/2 mutations and led to cancer risk diagnoses in 21% of non-BRCA cancer genetics patients after expanding our analysis to 3209 ClinVar genes. These data illustrate how WGS can be used to improve our ability to discover patients' cancer genetic risks.