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二代测序,新年新总结(上)

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2014年2月18日 来源:生物通

摘要:

  自从哈佛大学遗传学家George Church和454 Life Sciences公司Jonathan Rothberg掀起二代测序NGS的革命以来,已经过去了将近十年。毫不夸张地说,这段时间以来NGS技术已经发生了翻天覆地的变化,在测序通量突飞猛进的同时,测序成本直线下降。

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生物通报道:自从哈佛大学遗传学家George Church454 Life Sciences公司Jonathan Rothberg掀起二代测序NGS的革命以来,已经过去了将近十年。毫不夸张地说,这段时间以来NGS技术已经发生了翻天覆地的变化,在测序通量突飞猛进的同时,测序成本直线下降。

想当年454 Life Sciences公司测序580-kb的细菌基因组,需要四小时的工作循环。而今年一月份Illumina公司发布的HiSeq X™ Ten测序系统,能够以千元成本测序完整的人类基因组,最多每天能测序600 billion bp。(详见:Nature解读:千元基因组真的来了?

如今,二代测序技术给生命科学领域带来了彻底的改变。而NGS领域本身也在经历着某种意义上的变革。正因如此,基因组学Archon X奖(Archon Genomics X Prize)不得不于去年八月宣布取消,因为测序成本的直线下降已经使竞赛变得毫无意义。

Church的团队是该竞赛仅有的两只报名队伍之一,他认为参赛者们是否能够完成竞赛任务还很难预料。但无论如何,既然竞赛已经启动,总得让人家比完吧。

言归正传,二代测序领域的2013年既忙碌又喧嚣,在开年之际让我们对这一领域发生的最新进展做个小结吧。

454 Life Sciences

去年十月,454 Life Sciences宣布将于2016年中旬逐步淘汰其焦磷酸测序仪器,GS JuniorGS FLX+。据该公司介绍,从扩展性和成本角度看,454平台作为首个商业化的NGS系统已经基本上走到尽头,很难再对其进行升级和改良。RocheBeth Button指出,公司正在寻求新的测序合作伙伴。20139月,该公司宣布与昔日的竞争对手Pacific Biosciences合作,拟基于PacBio公司的SMRT技术进行诊断产品的开发。

Illumina

今年一月Illumina公司发布了两个以Solexa测序技术为基础的新测序平台,HiSeq X TenNextSeq™ 500

据该公司的新闻稿介绍,定价$250,000的台式NextSeq 500兼具了样品制备和测序功能。“它按钮式的操作,可以在许多常见测序应用之间切换。该系统能够在一天内测序整个人类基因组和多达16个外显子组。”NextSeq 500运行75个测序循环只需12小时。

HiSeqX Ten系统以10台仪器为单位销售,据称可以实现千元成本的人类基因组测序。该系统现定价1000万美元,能够在三天时间内生成1.8 terabases的数据,相当于每天约600 Gb,比HiSeq 2500强十倍。

华盛顿大学的Elaine Mardis表示,HiSeqX Ten系统针对的应该是提供人类基因组测序的服务产业,因为很少有研究机构能用到如此高的通量。“要想实现千元成本,就需要正确的样本量,”她说。当然,高通量还意味着更为复杂的数据分析。

Mardis的团队曾作过计算,为了跟上HiSeqX Ten他们可能需要花费八百万美元在信息学设施上。此外,实现千元成本意味着每年需要测序18,00020,000个基因组。“我要测序许多肿瘤基因组,”她说。“但数量还远远不够。”

Life Technologies

已被Thermo Fisher收购的Life Technologies拥有两款NGS平台,SOLiDIon Torrent。据Thermo Andy Felton介绍,公司已经将工作的重心放在后者身上。“绝大多数研发工作已经转移到Ion上,”他说。

目前的Ion PGM系统可使用最新的Ion 318芯片,产出多达6 million 400bp的读取,也就是说四小时运行的产量能达到2 Gb。而新Ion Proton™使用Ion PI™芯片,能够产出80 million 200 bp的读取,即每次运行产量达到10 Gb14 Gb

据介绍,今年公司将会推出用于转录组测序的新Ion PII芯片,每张这样的芯片可产出300 million 100bp的读取,随着系统改良甚至可能达到200bp

此外,Life Technologies公司正在研发一种新的聚合酶,Hi-Q。据Felton 介绍,Hi-Q能“显著提高精确性”,减少90%的插入/缺失误差。这种酶将于今年的中旬实现全面商业化。

下接:二代测序,新年新总结(下)

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(http://www.ebiotrade.com/)
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