用户名:

密 码:

测序 | miRNA | 表观遗传 | 蛋白研究 | 细胞研究 | 免疫学 | 转染 | PCR | qPCR | 核酸纯化 | 基因表达

您所在的位置:首页 > 新技术专栏

成功ChIP的三大秘诀

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2014年2月24日 来源:生物通

摘要:

  在基因调控领域,可以说没有比表观遗传学更热的话题了。而染色质免疫沉淀ChIP是表观遗传学研究中最常用的技术。

分享到:
  

生物通报道:在基因调控领域,可以说没有比表观遗传学更热的话题了。而染色质免疫沉淀ChIP是表观遗传学研究中最常用的技术。

ChIP通过针对染色质相关蛋白(组蛋白、转录因子等)的抗体,来鉴定与该蛋白(或蛋白修饰)相连的序列。这种方式能够帮助人们定位基因组中发生的表观遗传学改变。举例来说,针对H3K4me3(赖氨酸-4上的组蛋白H3三甲基化)的抗体可用来检测活跃表达的基因,而针对H3K27me3的抗体可用于检测沉默的基因。

类似的技术还包括RIPRNA免疫沉淀)和MeDIP(甲基化DNA免疫沉淀)。RIP可以帮助人们鉴定,与特定RNA结合蛋白相连的RNA。而MeDIP技术允许研究者pull down甲基化的染色质序列。

这些方法的原理都很简单,但实际操作却并不容易。“ChIP的过程往往相当复杂,而且可能十分冗长,”Thermo Fisher公司的蛋白生物学研发经理Barbara Kaboord说。

一、提高染色质的质量

与绝大多数实验方法相同,核酸IP也遵循着GIGO原则(Garbage in, garbage out)。如果你的染色质原材料不佳,当然也就很难得到理想的实验结果。

“获得染色质很简单。不过要获得适用于ChIP的染色质就是另一回事了,”EMD Millipore公司的表观遗传学研发带头人John Rosenfeld说。

人们一般通过超声将染色质打成几百bp长的片段,但超声很难控制。超声时间过长或力度过强都会令蛋白变性,使其与核酸分离或者破坏抗体识别的抗原表位。这种方案需要进行大量的优化,但过多的参数往往令人难以下手。

除超声之外,也可以利用酶进行片段化。这种方案不仅更加简单温和,可重现性也更佳,Cell Signaling TechnologiesCST)公司负责ChIP产品研发的Chris Fry说。

CSTSimpleChIP®SimpleChIP Plus Enzymatic Chromatin IP试剂盒使用微球菌核酸酶,据称这种试剂盒能让用户简单控制所得片段的大小。“我们将试剂盒用于二十多种不同的细胞系和组织,都得到了同样长度的片段,”Fry说,只要用户保证酶与细胞数的比例不变。

ThermoPierce Magnetic ChIP试剂盒也使用微球菌核酸酶,不过该产品还包括一个可选的超声步骤,公司的蛋白生物学研发经理Barbara Kaboord说。在这种情况下,超声更多的是用来增加敏感性而不是进行片段化,它有助于从细胞核释放更多的染色质,Kaboord解释道。他指出,新用户可能会更适应单纯的酶学操作,因为那样更为简单直接。

酶学片段化方案也存在着一定的弊端,Life Technologies的科学家Loni Pickle说。因为核酸酶有时会表现出序列偏好,从而影响结果的真实性。另外,酶学消化也并不总能与甲醛交联(ChIP的一个关键步骤)兼容。最后,她指出“对片段大小进行优化也稍显困难。”

Pickle还强调,鉴于目前广为接受的是超声法,使用酶学消化的研究者们需要做更多的工作,来保证酶学消化对结果没有影响,。”

对于那些选择超声法的研究者们,Rosenfeld指出了四个需要考虑的关键参数:细胞密度、超声力度、超声时间和循环数。“但不要同时对几个参数进行优化,”他提醒道。

上一页 [1] [2] [3] 下一页

(http://www.ebiotrade.com/)
版权所有,未经书面许可,不得转载

我来说两句(0)

[Ctrl+Enter]

加载读者评论......

相关文章:

    加载相关文章......

今日文章:

    加载今日文章......
  • eBiotech
  • 生物通快讯
    加载中......
    加载中......

技术期刊

GE期刊 | 基因快讯

    加载中......
    加载中......

更多>>

技术大讲堂

分子 | 细胞 | 蛋白 | 其它

    加载中......
    加载中......
    加载中......
    加载中......

更多>>

特价专栏

    加载中......

更多>>

会展信息

    加载中......

更多>>

生物通首页 | 生物通首页 | 今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 特价专栏 | 生物直通车 | 科研交流 | 正牌代理商 | 中国科学人 | 新技术专栏 | 技术讲座

版权所有 生物通

Copyright© 2000-2011 eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号