《Nature Biotechnology》:新型生物信息学工具使转录组形象化

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2014年03月11日 来源:生物通

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  目前,日本RIKEN生命科学技术中心开发出一种免费可用的新型生物信息工具——ZENBU,可让研究人员快速轻松地对大规模下一代测序实验中产生的大量基因组信息,进行整合、形象化和比较分析。相关研究结果发表在2014年3月份的《Nature Biotechnology》杂志。

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生物通报道:目前,日本RIKEN生命科学技术中心开发出一种免费可用的新型生物信息工具——ZENBU,可让研究人员快速轻松地对大规模下一代测序实验中产生的大量基因组信息,进行整合、形象化和比较分析。

下一代测序(Next-generation sequencing)技术已经彻底改变了功能基因组学,例如转录组测序RNA-seq、染色质免疫共沉淀测序ChIP-seq和CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)这些解决方案,正被世界各地的研究人员广泛使用,例如利用RNA-seq研究非模式生物。这些方法的力量在于,它们使转录组和转录因子结合位点的全基因组发现成为可能,这是理解健康和患病人群细胞功能的分子机制以及癌症之类疾病发展的关键。来自多项实验的数据整合,是结果分析的一个重要方面,但是,产生的越来越多的数据集,使分析结果的全面比较和分析变得十分繁琐。

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在2014年3月份的《Nature Biotechnology》杂志上发表的一项研究中,Jessica Severin及其同事描述了ZENBU的开发,这种工具能够将基因组浏览器与数据分析和一个被链接的表达视图结合起来,以便于大量下一代测序数据集结果的交互式可视化和比较分析。ZENBU与以前可用工具的关键区别在于,它能够通过关联的基因组定位和表达信号视图,在一个交互式可视化环境中,将成千上万的实验数据动态地结合起来。这使得科学家们能够将他们自己的实验数据,与当前存入系统的超过6000个ENCODE和FANTOM联合数据集相比较,从而使他们能够发现新奇有趣的生物学机制。该工具被设计用于整合上百万个任何种类的实验/数据集(RNA-seq、ChIP-seq或CAGE),因此它被命名为:ZENBU,在日文中表示“all”或“everything”的意思。

ZENBU在网上是免费自由获取的,可用于个人实验室安装,所有的ZENBU网站都不断地与共享数据相链接。可以从以下网站访问或下载该工具:http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/

作者解释道:“通过分配数据和服务器,我们鼓励科学家们载入和共享他们已发布的数据,帮助建立一种全面性的资源,以进一步推动世界各地的研究工作和研究合作。”(生物通:王英)

生物通推荐原文:
Hideya Kawaji, Carsten O Daub, Yoshihide Hayashizaki, the FANTOM consortium, Nicolas Bertin, and Alistair RR Forrest. Interactive visualization and analysis of large-scale NGS data-sets using ZENBU. Nature Biotechnology, March 2014 DOI: 10.1038/nbt.2840

 

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