开放医学研究所利用Affymetrix的芯片开发慢性疲劳综合征的检测

国开放医学研究所（Open Medicine Institute，OMI）上周宣布，它将使用Affymetrix的表达芯片来开发检测，以便诊断并协助治疗肌痛性脑脊髓炎（ME）和慢性疲劳综合征（CFS）。此外，OMI还表示，它已成为Affymetrix认证的服务供应商，将使用此平台来开发其他疾病的诊断检测。

　　

作者：Justin Petrone

来自GenomeWeb的消息——美国开放医学研究所（Open Medicine Institute，OMI）上周宣布，它将使用Affymetrix的表达芯片来开发检测，以便诊断并协助治疗肌痛性脑脊髓炎（ME）和慢性疲劳综合征（CFS）。

此外，位于加利福尼亚州山景城的OMI还表示，它已成为Affymetrix认证的服务供应商，将使用此平台来开发其他疾病的诊断检测。OMI的目标是利用新的方法和技术来改善医疗保健。

慢性疲劳综合征这种疾病有多种症状，包括卧床休息不能改善的疲劳、运动不耐、肌肉疼痛和记忆受损。据OMI统计，不到五分之一的疑似ME/CFS患者被确诊，并受到正确的医疗关注，而且目前也没有成熟的ME/CFS检测和治疗，这迫使患者依赖那些声称多种疗法的传闻轶事般的疗效。

开放医学研究所的创立者及主管Andreas Kogelnik告诉BioArray News，自研究所2009年成立以来，他们一直对CFS很感兴趣。他表示，OMI与Affymetrix的新关系“很重要，因为我们正在利用此技术建立一种核心技能，将一种非常主流、备受推崇的生物技术带到这种疾病中，而之前对疾病还没有足够的认识，也没有应用足够的基因组学及其他分子技术。

Kogelnik目前的设想是建立与CFS相关的两种检测：一种是根据患病个体和正常志愿者的RNA表达谱而建立的诊断检测，另一种是评估治疗效果的治疗诊断工具。该研究所将使用Affymetrix的Human Transcriptome Array，这是一种600万个探针的基因芯片，覆盖编码和非编码的转录本，它在最近几个季度中帮助这家芯片厂商恢复了表达芯片的销售额。

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“Affymetrix的平台非常适合此类研究，因为它为我们提供了那一刻血液或其他组织中基因活性图谱的快照，”Kogelnik说。“由于一天内ME/CFS患者的症状不断变化，Affy的HTA芯片已成为开展状态依赖的图谱分析的重要工具，”他说。“这将让我们能够更好地了解患者第一次出现症状时他们在哪儿，以及如何随时间和不同的治疗方法而变化。”

对于这样一种到目前为止还没有成熟的诊断方法的疾病，建立检测似乎是一个艰巨的任务，但Kogelnik表示OMI在投资Affymetrix的技术上已经有一些早期成果。在进一步的研究后，该研究所希望在未来6-12个月报道一些这方面的成果。

“目前有大量数据要筛选，但没什么比看到分子数据开始解释一些我们在临床上很难理解的东西更有价值了，”Kogelnik谈道。“这些患者真的生病了，需要他们所能得到的各方面的帮助，因此我们也在尽快增加患者及他们的主治医生的工具包。”

大数据方法

OMI与Affymetrix的伙伴关系并不限于ME/CFS。据Kogelnik介绍，研究所将使用Affymetrix的基因芯片来研究一系列神经免疫疾病、癌症、风湿病、免疫学，及其他常见的医学问题。预计未来一年将要研究的疾病包括ME/CFS、自闭症、莱姆病、类风湿关节炎、强直性脊椎炎、淋巴瘤、肺癌、胰腺癌、糖尿病及其他。

与此同时，ME/CFS对于OMI所描述的以“多学科、大数据的方法”来解决复杂疾病仍然很重要。“我们将CFS看作复杂慢性病的一个模式系统，”Kogelnik说。“超过一半的美国人患有慢性病，这是一个巨大且不断增长的需求，而未能得到满足，”他说。“目前仍有许多需要做的，将基因组、蛋白质组、代谢组及其他技术应用在ME/CFS及其他疾病上。”

所有这些努力只是OMI目标中的一部分，OMI的更大目标是推进对疑难病的认识，并改善患者的治疗效果。该研究所保留了位于山景城的临床研究部门，就在艾卡米诺医院（El Camino Hospital）旁边。该部门包括临床空间，一个基因组学和生物技术核心实验室、一个信息学核心实验室和一个生理学实验室。此外，OMI还保持着与志同道合的国际合作者的大型网络关系，包括独立医生、学术中心、实验室、大型医疗系统及其他，所有这些都是通过其OpenMedNet信息共享平台连接的。

该研究所的ME/CFS工作将使其更直接地向分子诊断市场扩张，不过也要证明其解决临床问题的大数据方法是正确的。

Kogelnik表示：“复杂的慢性病不是通常那种一次击中的诊断和治疗型的疾病，那些我们很擅长。CFS这种疾病有部分遗传因素，部分环境暴露，部分是状态依赖的，且非常动态。为了了解和影响它，我们需要在长时间内查看许多人的许多参数，并弄清个体之间的差异和变化。这是个大问题，它要求大数据。”

OMI的新角色是Affymetrix认证的服务供应商，这可能有助于它的研究工作。Kogelnik说，OMI已经为它的第一批制药、诊断和研究基金会客户提供了服务，并正利用其资源来支持它自己的研究。他提到，距离Affymetrix总部的车程很短也有其好处。

“OMI是距离Affymetrix最近的服务供应商，因此我们将这视为密切关系的开始，我们将最新的生物技术应用在不断增加的临床研究中，将敏锐的眼光投向转化发现，并支持产业和学术研究的需求，”Kogelnik谈道。