多家知名机构联合发表基因组测序“通用语”

　　

生物通报道：美国军队传染性疾病医疗研究中心（USAMRIID）牵头多家知名机构，在美国微生物学会旗下的mBio杂志上发布了病毒基因组测序的一系列标准，为从事病毒基因组测序的研究者们提供了一个通用“语言”。

文章的资深作者，USAMRIID的Gustavo Palacios博士介绍道，这些标准是多家研究机构的科学家共同协作的结果，包括Broad研究所、J. Craig Venter研究所、Los Alamos国家实验室、国家过敏和传染病研究所、马里兰大学和Johns Hopkins大学。

“我们让大家坐在一起，讨论出来一个有意义的结果，这是一个重要的成就，”他解释道。

作者们指出，基因组是生物体内的遗传物质，以DNA或RNA的形式编码。病毒基因组包括基因和一些非编码的DNA或RNA序列，含有病毒复制和传播所必需的信息。因此，确定这些序列可以获得宝贵的信息，可以应用于各种医学和科研领域。

“多亏了高通量测序技术的飞速发展，现在几乎所有的病毒研究方向都涉及了测序，包括分子流行病学、药物和疫苗开发、病毒的监控与诊断等等，”Palacios说。“近来，不管是已测序的基因组还是正在投身测序的研究机构都在迅速增多。”

虽然有大量的病毒基因组正在被测序，但“目前还没有一个统一的框架，也没有通用的词汇来描述特定病毒基因组的‘完成’程度，”文章的第一作者，USAMRIID的Jason Ladner博士说。测序的完成程度，决定着基因组的下游应用，包括设计诊断产品、反向遗传系统以及开发治疗对策等。

研究团队希望能够通过五条标准来填补这样的空白，这些标准涵盖了完成病毒基因组的整个阶段，使用不依赖测序技术的简单条件规定了五个类别。（延伸阅读：首个基因组测序参考标准发布）

“不同的测序技术可能会很快淘汰更新，因此我们这些标准没有关联任何特定的测序平台，可以长时间的使用下去，”Ladner解释道。

研究人员指出，这些基因组测序的新标准，为所有涉及病毒的研究领域提供了一个基本框架，其分类法也可以被用在公共的序列数据库中。此外，联邦机构还可以根据这些标准，审批和调控与病毒有关的产品，例如诊断产品、疫苗和治疗药物。

 

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文摘要：

Standards for Sequencing Viral Genomes in the Era of High-Throughput Sequencing

Thanks to high-throughput sequencing technologies, genome sequencing has become a common component in nearly all aspects of viral research; thus, we are experiencing an explosion in both the number of available genome sequences and the number of institutions producing such data. However, there are currently no common standards used to convey the quality, and therefore utility, of these various genome sequences. Here, we propose five “standard” categories that encompass all stages of viral genome finishing, and we define them using simple criteria that are agnostic to the technology used for sequencing. We also provide genome finishing recommendations for various downstream applications, keeping in mind the cost-benefit trade-offs associated with different levels of finishing. Our goal is to define a common vocabulary that will allow comparison of genome quality across different research groups, sequencing platforms, and assembly techniques.