比我们想象更为复杂的miRNAs世界

【字体: 时间:2014年09月25日 来源:生物通

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  此前,研究人员一直有遇到一些microRNAs (miRNAs)的异构体或亚型,但他们认为这些异构体只是一些意外的产物。发表在本月《Oncotarget》杂志的一项研究,表明某些isomiRs的丰度取决于地理亚群和性别,一种特定miRNA最常见的变异体或许并非是通常记录于公共数据库中的那个。

  

生物通报道  此前,研究人员一直有遇到一些microRNAs (miRNAs)的异构体或亚型,但他们认为这些异构体只是一些意外的产物。发表在本月《Oncotarget》杂志的一项研究,表明某些isomiRs的丰度取决于地理亚群和性别,一种特定miRNA最常见的变异体或许并非是通常记录于公共数据库中的那个。

“这项研究表明,microRNA异构体远比我们以往认为的更加常见。某些亚群共享一些亚型,或是某些亚型在女性中比在男性中更显著,表明它们的存在有可能是有意义的,这还需要进一步的研究,”托马斯杰斐逊大学计算医学中心主任Isidore Rigoutsos说。

MiRNAs是一类长度约为22个核苷酸的短链非编码RNAs,20多年前科学家们第一次发现了它们。由于它们与许多的细胞事件密切相关,在发现后不久便开始获得世界各地许多研究人员的关注。我们现在知道,miRNAs是一些蛋白质编码以及非编码RNA转录物的调控因子,它们以一种序列依赖性的方式控制了受影响的转录物(miRNA靶标)的丰度。miRNAs极其的重要,其参与了如发育和内稳态等一些基础的过程。毫不奇怪,一些miRNAs及异常调控还与许多的人类疾病和综合征相关联(延伸阅读:南京大学Cell子刊发表miRNA研究新成果 )。

像信使RNAs一样,MiRNAs也具有“亚型”,这些异构体来自于同一基因组位点,彼此之间只存在1-2个碱基的差异。相比于通常列于公共数据库中的“代表”亚型,一个特定miRNA不同异构体具有不同的丰度。

多年来,miRNA异构体被认为是无关紧要的。然而,新一代测序(深度测序)技术的出现,使得科学家们能够以更高的分辨率来观察这些分子事件。

Rigoutsos领导托马斯杰斐逊大学研究小组,对来自5个不同的群体(4个为欧洲血统,1个为非洲血统)452名男女的淋巴样干细胞系(LCLs)的深度测序数据进行了分析。该研究小组发现,在这些LCLs中一些isomiRs显示出群体依赖性或性别依赖性的表达谱,甚至在欧洲群体中也存在一些差异。

通过独立分析获得的实验数据,该研究小组生成了其他的证据证实,他们鉴别的许多isomiRs还与Argonaute沉默复合体相关,表明这些miRNA异构体参与了RNA干扰信号通路,与来自对应位点的“代表” miRNA一样具有功能性作用。目前才刚刚开始了解这些功能性作用以及每种变异体之间的差异。尽管研究小组是针对LCLs展开研究,Rigoutsos博士指出:“可以合理地推测,其他的细胞类型可能也有类似的观察结果。”

该研究小组的结果具有几重意义:他们认为对于研究人员而言,当前市场上的检测方法不一定捕获到了研究人员研究的细胞中普遍的异构体,而就手边的细胞或组织类型来说检测丰度较少的亚型或许是非必要的。这些研究结果表明,甚至是来自同一组织的细胞系也有可能差异多过相似。对于患者而言,这些研究结果代表了具有显著潜在利益一个机会:认识到一名患者与罹患相同疾病的另一名患者具有不同的分子谱,是医生在决定应该遵循的治疗过程时利用来让患者受益的一条非常重要的信息。

(生物通:何嫱)


生物通推荐新闻来源:

Slight alterations in microRNA sequences hold more information than previously thought

Researchers have encountered variants or isoforms in microRNAs (miRNAs) before, but assumed that these variants were accidental byproducts. A recent study, published in the journal Oncotarget this month, shows that certain so called isomiRs have abundances that depend on geographic subpopulations and gender and that the most prevalent variant of a given miRNA may not be the one typically listed in the public databases.

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