石乐明教授Nature子刊:RNA测序到底可不可靠

【字体: 时间:2014年09月09日 来源:生物通

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  RNA测序到底可不可靠呢?日前,由美国FDA牵头的测序质量控制(SEQC)项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估,并将初步调查结果发表在近日的Nature Biotechnology杂志上。石乐明教授是这篇文章的通讯作者之一。

  

生物通报道:RNA测序可以检测人类和其他生物的基因表达情况。最近这一方法在生物科学和医学研究中非常流行,而且正在逐渐走向临床应用。与之前的方法相比,RNA测序的优势是便于研究选择性剪切形成的基因异构体或转录本。

那么RNA测序到底可不可靠呢?日前,由美国FDA牵头的测序质量控制(SEQC)项目对RNA测序的准确性、可重现性和信息含量进行了综合性评估,并将初步调查结果发表在近日的Nature Biotechnology杂志上。石乐明教授是这篇文章的通讯作者之一。

研究团队使用RNA参照样本,在全球多个实验室的Illumina HiSeqLife Technologies SOLiDRoche 454平台上进行了检测。(深圳华大基因、复旦大学、华东师范大学等单位参与了这一项目。)研究人员主要是评估RNA测序在接头区域和差异性表达谱中的表现,并将其与芯片和定量PCRqPCR)进行比较。

研究人员发现,所有测序深度都会出现未注释的外显子-外显子连接区域,其中80%以上都得到了qPCR的验证。用RNA测序检测相对表达可以得到准确且可重复的结果,但RNA测序和芯片都不能提供精确的绝对测量,而且研究用到的平台都存在基因特异性的偏好,包括qPCR(延伸阅读:转录组研究:从芯片到RNA-Seq

数据分析的算法也会对RNA测序产生很大影响,不同算法生成的转录本数据差异很大。研究显示,赫尔辛基大学和曼彻斯特大学开发的BitSeq能生成最可靠的结果,这一方法以概率建模为基础。

这项研究获得的完整SEQC数据集拥有超过10Tb读取,为评估RNA测序分析提供了宝贵的资源。

作者简介:

石乐明 教授,复旦大学药学院药物基因组学研究中心主任,博士生导师,国家特聘专家(国家“****”入选者)。

1985年湖南大学化学化工系分析化学本科毕业,理学学士;1988年中国科学技术大学近代化学系计算化学研究生毕业,理学硕士;1991年中国科学院过程工程研究所(原化工冶金所)计算化学博士研究生毕业,工学博士,后留所任助理研究员(1991年)和副研究员(1993年)。1994年赴美国,先后在凯斯西储大学(研究助理)、美国国立健康研究院肿瘤研究所(访问学者)、美国食品和药品管理局(FDA)、美国家用(惠氏)及巴斯夫等机构和公司任(资深)研究科学家职务。2001年作为原创人之一加入深圳微芯生物科技有限责任公司,任信息学部主任,负责计算机辅助药物分子设计并参与创建了基于化学基因组学的创新药物研发和筛选平台。2003年作为资深研究员重新加入美国FDA,为阿肯色医科大学兼职研究教授,其研究成果为FDA制定药物基因组学的指南文件提供了科学依据; 2011年加入复旦大学药学院,创建药物基因组学研究中心。一直从事化学信息学、生物信息学、药物基因组学和个体化用药等方面的研究工作,发表学术论文150多篇(其中8篇发表于Nature Biotechnology);获4项创新药物化合物美国专利授权,其中两个化合物已进入中国I/II/III期临床试验,一个化合物进入美国I期临床试验。担任Expert Reviews of Molecular DiagnosticsBMC Research Notes编委。

 

生物通编辑:叶予

生物通推荐原文:

A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium

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