Int J Biochem & Cell Biol发表应用Arraystar LncRNA芯片研究囊性纤维化的文章

　　

爱尔兰皇家外科学院 (RCSI, Royal College of Surgeons in Ireland)的Catherine M. Greene博士长期从事肺部先天免疫调控机制的研究。该课题组利用Arraystar Human LncRNA芯片研究发现lncRNAs/mRNAs在囊性纤维化支气管上皮组织中异常表达。结合生物信息学分析分析和分子生物学验证，揭示了lncRNA在囊性纤维化过程中的作用。该研究成果刊登在国际期刊Int J Biochem & Cell Biol（影响因子4.24）。（芯片实验由Arraystar提供技术服务）

研究背景：
囊性纤维化是由位于第7对染色体CF基因突变引起的常染色体隐性遗传病，主要影响胃肠道和呼吸系统，通常具有慢性梗阻性肺部病变、胰腺外分泌功能不良和汗液电解质异常升高的特征。一般带有隐性基因的杂合子占新生儿的2%～5%，2000～2500个新生儿中有一个患此病。近年来大量文献报道lncRNAs是调控基因表达的重要调控分子，在很多细胞活动中发挥关键作用，但是lncRNAs与囊性纤维化的关系尚不清楚。Catherine M. Greene课题组利用Arraystar Human LncRNA芯片首次揭示了lncRNAs在囊性纤维化过程中的作用。

研究思路：
作者首先应用美国Arraystar Human LncRNA芯片检测囊性纤维化患者和正常对照支气管上皮组织中lncRNAs和mRNAs的表达水平。组间比较结果显示分别有1062个lncRNAs和720个mRNAs发生了明显的表达差异。GO分析表明差异表达mRNAs与炎症、Toll-like receptor(TLR) 信号通路和代谢调控密切相关。对于差异表达的lncRNAs，作者根据lncRNAs与邻近基因的相对关系进行统计学分类分析，并对已经报道的在其他疾病中发挥重要作用的lncRNAs进行PCR验证。进一步作者挑选与TLRs邻近lncRNAs进行PCR验证。

技术路线：

结果展示：  

A． 聚类图显示差异表达的lncRNAs (左图)，部分差异表达的lncRNAs（右图）；
B． RT-PCR验证及与芯片结果的比较，lncRNA（左图）和mRNA（右图）；
C． 差异表达mRNAs的GO分析

研究意义：
该研究揭示了lncRNAs/mRNAs在囊性纤维化过程中的差异表达。通过GO分析、邻近基因分析等生物信息学手段和RT-PCR等分子生物学手段研究lncRNAs的功能。对于囊性纤维化的病理学研究具有重要的科学意义，为囊性纤维化的治疗提供了潜在的靶点。

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原文出处：
Long noncoding RNA are aberrantly expressed in vivo in the cystic fibrosis bronchial epithelium. Int J Biochem & Cell Biol. 2014.
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