Int J Biochem & Cell Biol发表应用Arraystar LncRNA芯片研究囊性纤维化的文章

【字体: 时间:2015年01月13日 来源:康成

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  爱尔兰皇家外科学院 (RCSI, Royal College of Surgeons in Ireland)的Catherine M. Greene博士长期从事肺部先天免疫调控机制的研究

  

爱尔兰皇家外科学院 (RCSI, Royal College of Surgeons in Ireland)的Catherine M. Greene博士长期从事肺部先天免疫调控机制的研究。该课题组利用Arraystar Human LncRNA芯片研究发现lncRNAs/mRNAs在囊性纤维化支气管上皮组织中异常表达。结合生物信息学分析分析和分子生物学验证,揭示了lncRNA在囊性纤维化过程中的作用。该研究成果刊登在国际期刊Int J Biochem & Cell Biol(影响因子4.24)。(芯片实验由Arraystar提供技术服务

研究背景:
囊性纤维化是由位于第7对染色体CF基因突变引起的常染色体隐性遗传病,主要影响胃肠道和呼吸系统,通常具有慢性梗阻性肺部病变、胰腺外分泌功能不良和汗液电解质异常升高的特征。一般带有隐性基因的杂合子占新生儿的2%~5%,2000~2500个新生儿中有一个患此病。近年来大量文献报道lncRNAs是调控基因表达的重要调控分子,在很多细胞活动中发挥关键作用,但是lncRNAs与囊性纤维化的关系尚不清楚。Catherine M. Greene课题组利用Arraystar Human LncRNA芯片首次揭示了lncRNAs在囊性纤维化过程中的作用。

研究思路:
作者首先应用美国Arraystar Human LncRNA芯片检测囊性纤维化患者和正常对照支气管上皮组织中lncRNAs和mRNAs的表达水平。组间比较结果显示分别有1062个lncRNAs和720个mRNAs发生了明显的表达差异。GO分析表明差异表达mRNAs与炎症、Toll-like receptor(TLR) 信号通路和代谢调控密切相关。对于差异表达的lncRNAs,作者根据lncRNAs与邻近基因的相对关系进行统计学分类分析,并对已经报道的在其他疾病中发挥重要作用的lncRNAs进行PCR验证。进一步作者挑选与TLRs邻近lncRNAs进行PCR验证。

技术路线:


结果展示:  


A. 聚类图显示差异表达的lncRNAs (左图),部分差异表达的lncRNAs(右图);
B. RT-PCR验证及与芯片结果的比较,lncRNA(左图)和mRNA(右图);
C. 差异表达mRNAs的GO分析

研究意义:
该研究揭示了lncRNAs/mRNAs在囊性纤维化过程中的差异表达。通过GO分析、邻近基因分析等生物信息学手段和RT-PCR等分子生物学手段研究lncRNAs的功能。对于囊性纤维化的病理学研究具有重要的科学意义,为囊性纤维化的治疗提供了潜在的靶点。

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原文出处:
Long noncoding RNA are aberrantly expressed in vivo in the cystic fibrosis bronchial epithelium. Int J Biochem & Cell Biol. 2014.
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