数字PCR技术精确检测病毒RNA突变[创新技巧]

生物通报道 美国和加拿大的研究人员发现，与传统的逆转录定量PCR（RT-qPCR）技术相比，Bio-Rad的微滴式数字PCR（ddPCR）技术能够以更高的精确性、灵敏度和重复性，鉴定临床样本中的病毒RNA突变。这项成果发表在《Journal of Virological Methods》上。

这是第一篇直接比较ddPCR技术和RT-qPCR技术的文章。这两种方法使用相同的预混液和循环条件，这样所有的变量都是相同的，除了平台。研究人员使用了Bio-Rad的QX200微滴式数字PCR系统以及罗氏的LightCycler 480实时定量热循环仪。

很多情况都会导致免疫系统功能下降，使身体更容易受到病毒的感染。了解这种感染是否对某些药物形成耐药性，这有助于提供最佳的治疗。这种耐药性往往是由于病毒RNA的单个自发突变引起的。

在这项研究中，Bio-Rad的科学家以及加拿大拉瓦尔大学的合作者使用了突变和野生RNA的混合物，它们来自2009年的流感患者。研究人员发现，与RT-qPCR相比，ddPCR技术明显提高了突变丰度定量的灵敏度（30倍）和精确性（10倍）。

由于微滴式数字PCR是基于绝对定量，而RT-qPCR是依靠相对定量，ddPCR就避开了RT-qPCR的固有变化。研究人员发现两个独立的ddPCR数据集之间存在具有统计意义的关联，允许准确鉴定残留的突变病毒。

加拿大流感及其他呼吸道病毒的首席科学家Guy Boivin领导了这项研究。Boivin的实验室在开发新的诊断方法，希望能够更早检测出耐受奥司他韦（达菲）的流感亚群。“流感研究，特别是转化研究，需要快速且可重复的方法。我们计划用微滴式数字PCR来追踪免疫功能低下患者的抗病毒疗法，”他说。

研究人员认为，流感病毒只是那些受益于早期检测的众多病毒中的一种。这种ddPCR优化方法也可用来研究其他病毒的突变群体，如HIV和肝炎。（生物通 薄荷）

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原文检索

Optimization of Droplet Digital PCR from RNA and DNA extracts with direct comparison to RT-qPCR: Clinical implications for quantification of Oseltamivir-resistant subpopulations

Journal of Virological Methods
Volume 224, November 2015, Pages 58–66