张亚平院士Cell Research发表基因组研究重要成果

　　

生物通报道  来自中科院昆明动物研究所、云南大学、瑞典皇家理工学院等机构的研究人员，报告称他们通过收集来自世界各地58个犬科动物的基因组序列，揭示出了家犬的自然史。这一重要的研究成果发布在12月15日的《细胞研究》（Cell Research）杂志上。

中科院昆明动物研究所的张亚平（Ya-Ping Zhang）院士，及瑞典皇家理工学院的副教授Peter Savolainen是这篇论文的共同通讯作者（延伸阅读：张亚平院士等：解析lincRNA的DNA甲基化 ）。

家犬是动物王国中人类最亲密的伙伴之一，一直跟随着我们去到世界各大洲。作为一个单一物种，驯养狗体现了地球上生存物种最大的表型多样性。因为它们出色的认知和行为能力，驯养狗被人类选中来完成各种各样的任务，包括狩猎、放牧和陪伴。这些表型改变的遗传和历史基础一直困惑着包括达尔文在内的科学界人士。

狗的驯养史常被描述为是一个分两阶段的过程，在第一阶段人类首先将野生的祖先灰狼驯养为原始狗，在第二个阶段进一步选择原始狗形成许多具有特殊能力和形态的狗品种。尽管科学家们付出了许多努力来研究狗进化，关于驯养狗起源和进化的几个基本方面仍然存在争议。例如，几个不同的地理区域被提出是驯养狗的发源地，狼和狗的分歧时间预计在3.2万—1万年前，自它们分歧后这两个种群之间有相对弱的基因流动。但狗的确切驯养史仍有待充分阐明。

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第一次对狗的地理起源进行全面的遗传调查，是基于在当代狗中开展广泛的种内母系遗传DNA(mtDNA)研究，强有力的迹象表明狗起源于东亚的南部地区。然而，几个基于不同遗传标记的后续研究给出了不一致的答案。例如，利用来自古老狗样本的mtDNA，Thalmann等提出欧洲是起源地。同样，通过对现代狗进行全基因组基因分型，vonHoldt等发现中东狼和狗之间高单体型共享，提出了中东是狗多样性主要的发源地。

尽管这些研究采用了不同的数据集和方法，这些基于单核苷酸多态性（SNP）微阵列和DNA的研究有一个共同的缺点，就是缺乏来自东南亚的样本，因此排除了驯养狗实际上起源于这一地区的可能性。此外，利用单个位点，尤其是mtDNA，由于更易受到随机和/或选择力的影响可曲解结论。因此，狗的驯养史仍然是个谜题，而极具争议性。

在这篇文章中，研究人员利用总共58个犬科动物（12只灰狼、27只来自亚洲和非洲的原始狗，及来自世界各地19个不同品种）的全基因组序列，发现来自东南亚的狗相比其他种群具有显著更高的遗传多样性，是与灰狼有亲缘关系的最基础的种群，表明驯养狗古老的起源是在3.3万年前的东南亚。大约1.5万年前，一部分祖先狗开始迁移到中东、非洲和欧洲，在大约1万年前到达欧洲。走出亚洲的其中一个谱系又迁移回到东方，在迁移至新大陆之前与中国北部的地方性亚洲谱系形成了一系列混杂种群。

因此，这项新研究第一次揭示出了驯养狗在地球上的非凡旅程。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Out of southern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world

The origin and evolution of the domestic dog remains a controversial question for the scientific community, with basic aspects such as the place and date of origin, and the number of times dogs were domesticated, open to dispute. Using whole genome sequences from a total of 58 canids (12 gray wolves, 27 primitive dogs from Asia and Africa, and a collection of 19 diverse breeds from across the world)……

作者简介：

张亚平

博士，研究员，中国科学院院士，发展中国家科学院院士。现任中国科学院副院长、昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室主任和分子进化与基因组多样性学科组负责人；兼任中国遗传学会和中国动物学会副理事长，国际重要刊物Genome Biology and Evolution、Animal Genetics副主编，Human Molecular Genetics、Scientific Reports编委。2008年作为首席科学家发起了国际生命条形码――中国计划，并使中国成为国际生命条形码计划四个中心节点中唯一的亚洲国家。

主要从事基因组多样性研究。在建立具有国际影响的人群和动物DNA库的基础上，澄清了灵长类、食肉类、两栖爬行类等动物类群系统与演化中的一些重要问题。揭示了东亚人群进化的一些规律和一些民族的演化历程。系统地研究了野生动物和家养动物的遗传多样性，发现遗传多样性贫乏与物种濒危之间没有必然的对应关系；确定了家犬的东亚起源，证明东亚是家养动物驯化的重要区域。对自然选择和人工选择作用下基因组进化的研究，揭示了一些重要的动物适应进化和畜禽经济性状形成的遗传机制。近5年来，在Science、Nature、PNAS、PLos Genetics等国际刊物发表SCI文章100多篇。先后获国家自然科学二等奖、****成就一等奖、云南省科技突出贡献奖、何梁何利基金科学与技术进步奖等国家和省部级科技奖励20余项。由于在生物多样性研究领域的突出贡献，获国际重要奖项“生物多样性领导奖”，成为亚洲地区唯一的获奖人。