2014创新产品:全新SNP基因分型平台

【字体: 时间:2015年02月13日 来源:生物通

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  在推出不少好产品后,Fluidigm创新的脚步并未停歇。2014年,它又推出了全新的SNP基因分型平台 – Juno系统。它能在不到3小时的时间内处理并完成低至2.5ng/ul的DNA样本的SNP基因分型(比如组织,口腔拭子,血,石蜡包埋组织和多倍体生物),有效突破了基因分型领域目前对高浓度、高质量DNA要求的瓶颈。

过去6年,生物通一直在追踪生命科学领域最前沿的创新产品,将其介绍给大家。2014年,生物通继续搜罗新上市的产品,为大家奉上一场技术盛宴。经过一个半月的网页和微信投票以及专家评鉴,2014生命科学十大创新产品终于出炉。

Fluidigm,这家致力于单细胞生物学的公司推出了不少创新性的产品,包括C1单细胞自动制备系统,以及新收购的CyTOF 2质谱流式细胞仪,这两个产品分别在2012和2013年被生物通读者评为生命科学创新产品。

然而,Fluidigm创新的脚步并未停歇。2014年,它又推出了全新的SNP基因分型平台 – Juno系统。它能在不到3小时的时间内处理并完成低至2.5ng/ul的DNA样本的SNP基因分型(比如组织,口腔拭子,血,石蜡包埋组织和多倍体生物),有效突破了基因分型领域目前对高浓度、高质量DNA要求的瓶颈。

基于此,Juno系统当选2014年度的生命科学创新产品。为了让大家更好地了解Juno系统以及Fluidigm的其他新产品,生物通采访了Fluidigm中国公司的业务经理。

Q:与传统的基因分型平台相比,Juno系统有哪些优势?

A:SNP基因分型的传统方法使用微流控芯片或者微量滴定板(这需要相当量的试剂从而导致很高的成本)和高浓度,高质量的样本。高成本和样本的高质量的限制阻碍了在生产基因组学中使用例如口腔拭子和石蜡包埋组织等低浓度DNA样本。

Fluidigm公司的Juno系统第一次使用了一种微流控芯片技术,它在一块芯片上整合了预扩增和基因分型,能对高达96个样本和96个位点进行基因分型。为了解决传统SNP基因分型实验的限制,新的芯片只需要5.5ng的DNA,浓度为2.5ng/ul。

Juno平台在降低使用开放型的微量滴定板做多步骤的实验流程中存在的错误和PCR污染的风险的同时,大大缩短数据采集的时间。虽然市场上的其他解决方案需要多次动手步骤并且从样本到数据的时间至少是5小时,但是一步法的,全自动的Juno系统的工作流程只需要15分钟准备试剂,在不到3小时的时间内就能拿到数据。Juno平台的灵活性和易用性将使核心实验室可以简单地满足许多不同客户的需求,并且系统在一块芯片上整合预扩增和基因分型的能力将使临床实验室能经济地从低浓度DNA样本中获得快速和准确的结果。

Q:Juno系统在什么时候上市?适用于哪些研究领域?

A:Juno系统已于2014下半年度上市,并已在中国售出四台。它的目标用途包括生物样品库和细胞培养机构的样品识别、质控和DNA指纹鉴定的应用,以及农业生物学客户在芯片原位的预扩增和基因分型的应用。

Q:针对NGS,Fluidigm也推出了不少产品,能不能简单介绍一下。

A:FLUIDIGM公司的捕获芯片系统(Access Array System)与第二代重测序相结合成为一种强有力的方法,可以对成百甚至更多的样品进行SNP鉴定、序列多样性和突变检测、DNA甲基化检测、外显子测序等。重测序的应用只需对感兴趣的目标序列区段在多个样品中进行测序,比每个样品进行全基因组测序更便宜有效且易于分析。要充分发挥第二代测序高通量的潜力要求快速而简便的制备目标序列的测序文库。目前市面上目标序列重测序的技术大都集中对较少数的DNA样品中捕获感兴趣的长片段序列,每个样品需要消耗大量的DNA,而且制备的测序文库中不同目标区段的相对含量很不均一。

这是第一个可以和目前所有主要的第二代测序系统相匹配的高通量目标区段富集系统。用户可以从大量的样品中一次性地富集数百个不同的区段序列(例如外显子)。这个系统充分结合了微流体技术的成本和通量优势以及PCR的高效性及灵活性。

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