只有10个细胞,也要任性地开展全转录组分析[新品推荐]

【字体: 时间:2015年03月17日 来源:生物通

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  荧光活化细胞分选(FACS)和激光捕获显微切割(LCM)等现代技术,实现了少量细胞的鉴定及分离。不过,细胞数量少,通常无法产生足够的RNA,以目前的芯片或RNA-Seq分析来获得可靠的表达数据。肿么办?

正如世界上没有两片相同的树叶,也没有两个相同的细胞。即使在同一群体中,单个细胞也可能存在很大的差异,而这些差异也许对整个群体的功能有重要影响。然而,传统的转录组表达分析往往获得了一个平均值,而掩盖了这些关键的差异。为了更好地了解基因表达差异的生物学意义,研究人员越来越关注少量而具有特色的细胞亚群。

荧光活化细胞分选(FACS)和激光捕获显微切割(LCM)等现代技术,实现了少量细胞的鉴定及分离。不过,细胞数量少,通常无法产生足够的RNA,以目前的芯片或RNA-Seq分析来获得可靠的表达数据。肿么办?

不要紧,有了Affymetrix的GeneChip WT Pico Kit,即使只有10个细胞、100 pg总RNA,也能任性地开展全转录组分析。这是一个样品制备试剂盒,配合全转录组芯片使用。因此,在处理那些珍贵的样品时,研究人员能够保留更多的样品,用于未来的实验。

除了样品量少,WT Pico Kit 在样品类型上也灵活至极。我们在研究过程中,通常需要对多个来源的样品进行分析。比如,癌症研究通常要比较新鲜冻存组织和FFPE组织的样品。在很多时候,我们需要使用不同的试剂盒来处理不同的样品类型,这增加了实验流程的复杂性,在数据中引入了不想要的变化。

WT Pico Kit能处理大多数样品类型,包括培养的细胞、新鲜冻存组织或FFPE组织,以及全血。这大大简化了实验流程,并避免了目标制备方法带来的可变性。

当然,样品不同,所需的量也不同。对于细胞或组织,WT Pico Kit可处理100 pg至2 ng总RNA;而对于FFPE组织,它则需要500 pg至10 ng总RNA。这个总RNA样品可直接使用,而不需要去除核糖体或球蛋白RNA。经过逆转录以及T7体外转录和扩增之后,cRNA被转化成生物素化的正义链DNA,可立即用于全转录组芯片的杂交。

Affymetrix的人类全转录组芯片(HTA)大家都不陌生。这是一款高分辨率的基因表达芯片,除了能检测基因水平(包括所有编码基因和长链非编码基因)的表达图谱,还可以准确分析几乎所有已知的转录本异构体。(生物通 余亮)

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