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新工具助力CRISPR实验中的gRNA设计

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2015年3月25日 来源:生物通

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  CRISPR技术不断升温,让更多研究人员希望加入这一领域。不过,对于实验中向导RNA的设计,人们还是有点拿不定主意。Horizon Discovery公司近日推出一款免费的在线工具,用于设计CRISPR实验中的gRNA。

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生物通报道 CRISPR技术不断升温,让更多研究人员希望加入这一领域。不过,对于实验中向导RNA的设计,人们还是有点拿不定主意。Horizon Discovery公司近日推出一款免费的在线工具,用于设计CRISPR实验中的gRNA。

Horizon是英国的一家生物科技公司,在转化研究领域具有悠久的科学传统,同时又是领先的同源性重组基因编辑平台。它提供可用于基因组编辑的重组腺相关病毒载体(rAAV)和一系列CRISPR/Cas工具。这一次,它发布了gUIDEbook平台,能够对人和小鼠实验中的gRNA序列设计给出建议。

目前有许多在线工具能设计gRNA,它们来自Horizon这样的公司,或从事CRISPR研究的实验室。然而,用户通常需要在多个程序之间切换,以满足不同的目的。比如,有的程序能找到CRISPR切割的合适位置,而另一程序能预测切割的效率,至于脱靶效应的预测,也许还需要第三种程序。而gUIDEbook旨在成为一站式的平台。

gUIDEbook能缩小gRNA的范围,帮助找到最有可能实现高效、特异编辑的gRNA,以便后续实验的进一步筛选。当然,目前还没有一种程序能完美预测CRISPR的活性。Horizon 的CTO Eric Rhodes承认:“说实话,现实世界的预测并没有那么好。它们确实需要凭经验来检查。”

对于那些刚刚接触CRISPR基因编辑的研究人员,他们可以选择gUIDEbook的向导模式,听听Horizon的建议。当然,如果有了一定经验,您也可以选择高级模式,实现更大程度的定制。除了这些免费的在线版本,Horizon也与Desktop Genetics合作推出企业版,适合那些担心隐私问题的核心实验室或制药公司。

gUIDEbook的算法是基于公共工具的集合,也基于Horizon在设计gRNA上的经验,他们知道那些序列能带来最好的结果。“我们有一个免费的CRISPR项目,想法是让大量的试剂到达科研人员的手中,”Rhodes说。“我们要求他们提供向导RNA的性能数据,这样我们现在就能使用。”

他认为,整个科学界需要齐心协力。“我们需要很多很多有关向导RNA的信息,才能开发真正有预测性的算法。但我们正迈出第一步。”(生物通 薄荷)

(http://www.ebiotrade.com/)
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