外显子组测序并不一定带来正确的诊断

生物通报道 美国医学遗传学学会（ACMG）的临床遗传学年会于3月24-28日在美国盐湖城举行。埃默里遗传学实验室的研究人员在会议上表示，外显子组测序数据的初步分析并不一定能带来正确的诊断，需要再次检查。

埃默里大学医学院的教授、遗传实验室的主管Madhuri Hegde在她的报告中举了两个病例，说明研究人员在初步分析中如何误入歧途，但最终通过使用不同的检测方法，或利用不同的样品重复外显子组检测，找到了真正的致病突变。她认为，外显子组数据的再次分析和重新解释能够提高外显子组测序的诊断率。

Hegde介绍的第一个病例是一名12岁的女孩。她具有视网膜营养不良、认知功能受损以及其他症状，并在埃默里遗传实验室接受了外显子组测序。数据表明，其ARID1B基因的第3外显子可能含有一个致病变异，而此基因的其他致病突变之前也有报道。

然而，研究人员后来发现，患者的母亲也携带同样的变异，但没有类似的症状。进而发现，临床实验室用于解释的ARID1B基因可能是不正确的。随后，他们通过芯片检测，发现了CLN3基因的第7和8外显子存在缺失，而再回头看外显子组数据，发现这些外显子区域的覆盖度不佳。

Hegde介绍的第二个病例是一名11岁的男孩，具有发育迟缓、脑积水等症状。外显子组测序发现了其L1CAM基因中有一个意义不明的变异，据报道这个变异可能引起了另一名患者的疾病，而在普通人群中未发现。

不过，突变并没有解释所有的临床症状，而研究人员怀疑这名患者可能镶嵌了另一个突变，于是他们继续对皮肤活检样本进行外显子组测序。结果，他们真的在部分皮肤样品中发现了PIK3CA基因的致病突变。原先的样本来自血液，故外显子组测序并没有发现这一突变。

Hegde认为，尽管在这两个病例中，原先的外显子组测序并没有带来正确的答案，但对于其他病例，外显子组数据的再次分析可能有助于正确的诊断，因为新的致病变异正不断发表。她的实验室每个月都重新分析所有的外显子组病例，检查最新发表的致病变异，或者应医生要求，根据新的证据重新评估某些变异。

她认为，对于这些重新分析，临床团队和分析团队之间的互动“是非常重要的”。（生物通 薄荷）