现在有机会试用纳米孔测序仪

英国Oxford Nanopore Technologies公司近日宣布，它重新开放了MinION测序仪的早期试用计划，希望吸纳更多用户来参与。同时，越来越多的计划参与者开始展示和发表他们的结果。

在上周举行的AGBT 2015大会上，英国基因组分析中心和美国冷泉港实验室的研究人员就介绍了利用MinION数据的实时监控方法、cDNA测序以及de novo基因组组装。

早期试用的用户也在发表此技术的新应用和数据分析方法。2月，加州大学圣克鲁斯分校的Mark Akeson团队在《Nature Methods》杂志上发表文章，介绍了一种适用于纳米孔数据的单核苷酸变异检测工具。研究人员表示，他们能够从无法分辨的人类染色体Xq24区域上分辨出一个癌基因的拷贝数。

此外，其他研究小组也展示了仅仅利用MinION数据对细菌基因组进行de novo组装，或在利用Illumina reads进行错误校正后，利用MinION数据进行酵母基因组的de novo组装。研究人员还展示了宏基因组测序、人类基因测序、细菌抗生素耐药性区域鉴定以及细菌疫情分析的结果。

Oxford Nanopore在2013年底启动了MinION测序仪的早期试用计划，并在2014年2月宣布了计划的参与者。4月份，MinION陆续达到申请者的手中。该公司介绍，到目前为止，早期试用计划的重点是DNA测序，但它预计将包含RNA和蛋白质的直接分析。

Oxford Nanopore表示，这一技术经过了几方面的改进。首先，文库制备试剂盒已经更新了数次，使得数据准确性提高，操作流程缩短，且稳定性更好。同时，公司还引入了新的文库制备试剂盒和操作方案，以实现更多应用，如cDNA测序以及基因组DNA的添加条形码。

其次，Oxford Nanopore已经售出了三个版本的流动槽，每次都增加了纳米孔的数量，以及数据产量和质量。通过增加2D reads的比例，也就是结合正向链和反向链的reads来提高准确性，数据质量得到全面提高。

最后，仪器控制软件MinKnow也已更新了好几次。例如，数据采样频率的改变提高了产量和准确性。据介绍，云端的碱基检出软件Metrichor将演变为更全面的分析和服务。Metrichor的分析算法及其他方面已经过更新，可改进数据质量和分析速度，而用户也开发出各种各样的数据分析工具。

有兴趣的读者可登陆Oxford Nanopore的网站（nanoporetech.com），了解申请的具体情况。（生物通 薄荷）