用户名:

密 码:

测序 | miRNA | 表观遗传 | 蛋白研究 | 细胞研究 | 免疫学 | 转染 | PCR | qPCR | 核酸纯化 | 基因表达

您所在的位置:首页 > 新技术专栏

追赶微生物组的热潮,你准备好了吗?(下)[创新技巧]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2015年4月3日 来源:生物通

摘要:

  有了新型的测序仪,人们开始着手研究健康的人体中生活着哪些类型的微生物。当然,同样是健康的人,你和我的微生物群落就大不相同,就算同一个人,不同部位的微生物也大相径庭。这种差异性使得人们难以描述“正常的”微生物组。于是,研究人员从数百名个体中采样,提取信息。他们关注各个部位,包括口腔、皮肤、鼻腔、肠道,以及泌尿生殖道。

免费索取:

分享到:
  

在了解了这些小伙伴是谁之后,我们自然要问,它们在干什么?

它们在干什么?

通过16S扩增子测序,我们大致了解了它们是谁,但我们并不知道它们在干什么。即使是单一物种,微生物也不尽相同。它们往往有着不同的基因,行使着不同的代谢功能。正因为如此,我们需要鸟枪法宏基因组学,来揭示整个群落的生物学功能。

鸟枪法测序,指的是对从微生物群落中提取出的DNA片段进行测序。这种方法代表了完整的细菌基因组,因此几乎不受镶嵌性和偏向的影响。它还包含了更多信息,可对近亲和远亲做出准确的系统发育推断。然而,最实质性的优势是它提供了细菌群落中存在的基因信息。

早前,一个国际研究团队对36个沙眼衣原体分离株的基因组进行了测序,并开展系统发育分析。结果表明,过去利用ompA来预测系统发育结构从而对衣原体进行分类是误导性的,因为这一区域的广泛重组掩盖了真正的关系。(延伸阅读:Nature Genetics:衣原体原本的分类不可靠

对于病毒微生物组的研究,全基因组测序也是个不错的选择,因为病毒中没有相应的16S。人们往往使用Illumina测序,有时还结合Pacific Biosciences的长读取测序,深入了解病毒微生物组,看看它们包含哪些基因。

测序流程也与平常的DNA测序相似,包括DNA提取、文库制备、测序及数据分析,不过在样品处理时需要特别留心,因为制备和储存过程可能会影响结果。在一些微生物组样品中,宿主DNA占了绝大部分,甚至高达99%,这为微生物样品的分析带来了难题。微生物的测序读取仅仅占了极小的一部分。若想获得足够高的序列覆盖度,要么是费用上不允许,要么是技术上不可行。

NEB的NEBNext® Microbiome DNA Enrichment Kit则解决了这一难题。它能够有效去除高达98%的甲基化宿主DNA(包括人类DNA),而保留无CpG甲基化或极少CpG甲基化的微生物DNA,从而将微生物组DNA的测序费用降低至更合理的水平。

Zymo也推出了室温的核酸稳定剂DNA/RNA Shield。它能够确保样品储存或运输过程中的核酸稳定性。DNA/RNA Shield裂解细胞并让核酸酶和病毒失活,否则样品的组成很可能会发生变化。

当然,真正的困难在于数据分析这一部分。有时,你会发现两个相近的大肠杆菌菌株有着截然不同的功能内容,而不同的分类群却有着相同的功能内容。究其原因,大抵是参考基因组缺乏,而那些现有的参考基因组又缺乏足够的注释。

人类微生物组计划(HMP)的目标之一就是获得3000种微生物分离株的参考基因组序列。这一计划由美国NIH资助,通过16S和WGS宏基因组学研究来认识多个人体部位微生物群落的复杂性,包括鼻腔、口腔、皮肤、胃肠道和泌尿生殖道,并了解人类微生物组的改变如何与健康或疾病相关联。

上一页 [1] [2] 下一页

(http://www.ebiotrade.com/)
版权所有,未经书面许可,不得转载

我来说两句(0)

[Ctrl+Enter]

加载读者评论......

相关文章:

    加载相关文章......

今日文章:

    加载今日文章......
  • eBiotech
  • 生物通快讯
    加载中......
    加载中......

技术期刊

GE期刊 | 基因快讯

    加载中......
    加载中......

更多>>

技术大讲堂

分子 | 细胞 | 蛋白 | 其它

    加载中......
    加载中......
    加载中......
    加载中......

更多>>

特价专栏

    加载中......

更多>>

会展信息

    加载中......

更多>>

生物通首页 | 生物通首页 | 今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 特价专栏 | 生物直通车 | 科研交流 | 正牌代理商 | 中国科学人 | 新技术专栏 | 技术讲座

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号