环状RNA高通量测序服务

【字体: 时间:2015年04月23日 来源:锐博生物

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  利用目前最先进新一代测序平台,锐博生物近期全新推出circRNA高通量测序服务。通过该服务,研究者可进行circRNA鉴定、表达量计算、注释分析、分布统计、circRNA保守性分析及互作miRNA分析在内的多种生物信息学分析工作,深度挖掘circRNA功能与机制。

环状RNA(circular RNA,circRNA)是最近发现的一类特殊的非编码RNA,它大量存在于真核细胞胞质内,主要由pre-mRNA通过可变剪切加工产生。

近年研究发现,circRNA具有很多重要的调控功能,例如,circRNA可以作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)结合胞内miRNA,阻断miRNA对其靶基因的抑制作用。除此以外,circRNA也具有调控其他类型RNA、调节蛋白质活性等功能。circRNA在不同物种中具有保守性,而且存在组织表达差异,且circRNA的环状结构对RNase不敏感,导致它比线性RNA更为稳定,这些特性使得circRNA具有开发疾病新型诊断与治疗方法的巨大潜力,研究意义重大。

利用目前最先进新一代测序平台,锐博生物近期全新推出circRNA高通量测序服务。通过该服务,研究者可进行circRNA鉴定、表达量计算、注释分析、分布统计、circRNA保守性分析及互作miRNA分析在内的多种生物信息学分析工作,深度挖掘circRNA功能与机制。

服务优势:

多物种选择:可直接对人、大鼠和小鼠样本进行最全面的circRNA分析,亦可发现新的circRNA(其他物种需特殊评估);
高精确度:数字化信号,可预测到基因家族中相似基因以及不同可变剪切类型产生的circRNA序列信息;
高覆盖度:新一代高通量测序技术深度覆盖,可以检测到低丰度西游circRNA。

服务流程:

测序方案
1) 测序平台:Illumina HiSeq 3000/2500
2) 测序模式:PE150/100
3) 测序数据量:每个样本5G clean data
4) 送样要求:
细胞样本:不少于5×107个细胞
组织样本:干重600mg~1g
RNA样本:不少于20μg

分析内容
基础分析
1. 数据质控
2. 基因比对与统计
3. 环状RNA鉴定
4. 环状RNA分布统计
5. 环状RNA注释
6. 环状RNA表达量计算
7. 样品(组)间表达差异分析
8. 差异基因GO分析
9. 差异基因KEGG分析
10. 生物学重复样品间相关性分析
11. 环状RNA序列预测
高级分析
1. 环状RNA保守性分析
2. 环状RNA与miRNA互作分析

案例解读:

利用高通量测序鉴定H9细胞系circRNA
本项研究利用Illumina HiSeq 2000测序平台对H9细胞系进行去rRNA去线性RNA测序,共鉴定出103个来源于内含子的环状RNA(circular intronic RNA,ciRNA),ciRNA的成环过程依赖于两个共有基序。另外,研究者还发现,一个名为ci-ankrd52的ciRNA会作为RNA Pol II的正向调节因子,引导RNA Pol II在其基因转录起始位点处富集,促进转录延伸。本项研究也发现了ciRNA所具有的顺式调控元件功能。


 
本项研究circRNA富集过程


 
使用RNase R对H9细胞中ciRNA进行富集后散点分析图。横轴表示RNase R富集样本中单个ciRNA表达量变化,纵轴表示非polyA/非核糖体RNA(p(A)/ribo-)中ciRNA表达量,对比看出RNase R处理导致多种线性lncRNA表达下调(蓝色标记),而红色标记的ciRNA表达上调

相关文献:Zhang Y, Zhang X O, Chen T, et al. Circular intronic long noncoding RNAs[J]. Molecular cell, 2013, 51(6): 792-806.

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