全外显子组VS全基因组测序，谁才是赢家

过去研究者们常通过全外显子组测序检测致病突变，不过全基因组测序的成本也越来越低，究竟哪一种方法更好用呢？日前，洛克菲勒大学的Alexander Bolze（现在在加州大学）和同事对这两种方法进行了比较，并将结果发表在最近的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。

　　

生物通报道：过去研究者们常通过全外显子组测序检测致病突变，不过全基因组测序的成本也越来越低，究竟哪一种方法更好用呢？

翻看大多数遗传学杂志，你可能会觉得只测序蛋白编码基因的全外显子组测序（WES）是首选。诚然WES近年来逐步优化，能够有效在外显子组中鉴定突变，不过这一技术的主要吸引力还是价格低。随着全基因组测序（WGS）成本的直线降低，它逐渐成为了临床和基础研究的另一种选择。

日前，洛克菲勒大学的Alexander Bolze（现在在加州大学）和同事对这两种方法进行了比较，并将结果发表在最近的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。

Bolze等人之前主要是用WES研究患有罕见病的个体，比如先天性无脾症（congenital asplenia）。“可以说WES是相当成功的，举例来说，我们发现约有一半的患者存在RPSA基因突变。然而，尽管我们对另一半患者进行了多次全外显子组分析，尝试了各种方法，依然没有找到遗传学病因，”Bolze说。“于是我们想要尝试全基因组测序，也许能在RPSA基因附近的调控区域有所发现，或者发现一些WES检测不到的拷贝数变异。”

WGS的数据分析比WES难，有必要每次都测序整个基因组么？应该先用全外显子组测序来寻找突变，还是直接进行全基因组测序呢？（延伸阅读：别让样品制备拖了测序的后腿）

为了找到这些问题的答案，Bolze等人用WES和WGS分析了六个不相关的个体。研究显示，虽然WES在检测编码区域的单核苷酸变异时表现良好，但WGS在鉴定单核苷酸变异、插入和缺失突变时更为稳定。研究人员指出，WGS能够更有效的鉴定外显子组的突变。虽然目前WGS比WES贵，但它的成本将会很快下降。从长远角度考虑，WGS是检测致病突变的首选方法。

“这项研究为科学家和医生们提供了宝贵的信息，他们可以根据我们的结果，了解WES和WGS检测不同基因和突变类型时的表现，选择最能满足自己需求的方法，”Bolze说。“对于大型研究而言，如果想要获得长期可用的数据，我们认为WGS是最佳选择。”

 

生物通编辑：叶予

生物通推荐原文：

Belkadi A, Bolze A, Itan Y, Cobat A, Vincent QB, Antipenko A, Shang L, Boisson B, Casanova JL, Abel L. Whole-genome sequencing is more powerful than whole-exome sequencing for detecting exome variants. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Mar 31.