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《细胞》特辑:联接组学
【字体: 大 中 小 】 时间:2015年06月03日 来源:生物通
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所谓联接组学(connectomics)可以理解为一种新的神经成像技术和组织学技术,可以绘制大脑中的神经连接的更精确和更高分辨率的图谱。我们大脑里有百亿计的神经细胞,出于技术限制等原因,直到目前人类都没有完整的白质纤维纤维联络模式,局部的纤维联络模式,更不用说每个神经元及其包含的所有突触相互之间的连接模式。只有绘制出这样一幅基本蓝图,才可能继续向建筑在之上的问题进行探索。
生物通报道:“Cell Press Selections”是由Cell出版社推出的一份推荐文章集合手册,主要介绍某个生命科学研究领域最新的进展及突出成果。相关特辑内容包括研究论文,评论性文章以及snapshots,涉及了同一领域的方方面面,更为重要的是这些文章由赞助商赞助,可以免费获取。
所谓联接组学(connectomics)可以理解为一种新的神经成像技术和组织学技术,可以绘制大脑中的神经连接的更精确和更高分辨率的图谱。我们大脑里有百亿计的神经细胞,出于技术限制等原因,直到目前人类都没有完整的白质纤维纤维联络模式,局部的纤维联络模式,更不用说每个神经元及其包含的所有突触相互之间的连接模式。只有绘制出这样一幅基本蓝图,才可能继续向建筑在之上的问题进行探索。
几年前美国NIH资助了一个项目:构建人脑的联接模式,除此之外还有一些实验常用的动物如果蝇、秀丽线虫、小鼠的神经系统也在研究中。Cell特辑挑选了这方面的一些成果和综述,介绍给读者这一研究领域的最新进展与探讨成果。
Challenges and Opportunities in Mining Neuroscience Data
脑科学的根本挑战在于解码关于人的复杂行为和功能的“神经剧本”,包括思维,记忆,行为和情感。这就需要获得并综合大量的、五花八门的、时空多尺度的数据。
在这篇文章中,Akil教授通过多个例子说明了“神经信息学”方法在进行数据处理时的诸多优点。作者特别提到“连接组学(connectomics)”和“神经科学信息框架(NeuroscienceInformation Framework,NIF)”,它们都证明从神经信息的不同层次加深对脑的理解具有许多新机遇。
Akil教授在神经生物学领域获得了多个重要的研究成果,比如他们曾发现一种与大脑发育有关的化学物质或许可帮助减轻焦虑症甚至抑郁症,研究人员们通过筛选法培育出两类大鼠,一类焦虑不安,一类比较安定,检测发现,焦虑不安的大鼠与安定的大鼠相比,前者大脑中的成纤维细胞生长因子2(简称FGF2)水平较低。研究人员认为此前人们知道FGF2与大脑发育有关,可帮助修复大脑创伤,但这项研究发现,FGF2还扮演了另外两个重要角色:它是导致焦虑症的遗传因素,也是环境影响人体的调节因素。
High-resolution whole-brain staining for electron microscopic circuit reconstruction
马克斯普朗克神经生物学研究所的Shawn Mikula和Winfried Denk,开发出一种特殊的染色方法,弥补了最后一个方法上的差距:如何染色整个大脑,相关研究结果发表在四月十三日的《Nature Methods》。现在,绘制完整的小鼠大脑似乎是触手可及的,但即便设备效率像设计的那样,收集数据也需要几年的时间,而且,分析大约40千兆字节的数据,可能需要几十年的时间。
研究人员提出了一种全脑染色方法——BROPA。BROPA缩写代表着一系列复杂的染色和漂洗步骤,包括锇和邻苯三酚溶液。整个染色过程大约需要四周。到目前为止这些结果表明,自动化的计算机程序可以相当可靠地识别BROPA染色的突触和细胞体。但即使是罕见的中断也会让神经纤维非常分散。在人类基因组破译的背景下,实际上这听起来并不是天方夜谭:当70年代中期第一个DNA片段被解码时,测定整个人类基因组的序列跟现在绘制整个人类大脑的连接组一样,最初看起来是不可能的。