Nature Methods:RNA甲基化的高分辨率分析

【字体: 时间:2015年07月01日 来源:生物通

编辑推荐:

  目前的m6A分析方法只能将m6A残基定位在100–200 nt的转录本区域中,无法在全转录组水平上鉴定m6A的精确位置。美国康奈尔大学的研究团队开发了一个可以获得单核苷酸分辨率m6A图谱的新技术,miCLIP。这项研究发表在六月二十九日的Nature Methods杂志上。

  

生物通报道:在分子生物学的中心法则中,遗传信息从DNARNA流向蛋白。基因组DNA和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰,这些修饰可调控基因的表达,并由此决定细胞的状态,影响细胞的分化和发育。近年来人们发现, mRNA和其他RNA上也存在类似的调控机制。

RNA在生物学系统中有着举足轻重的作用,兼具信息分子和调控分子双重功能,不仅将DNA的遗传信息传递给蛋白,也调节着许多生物学过程。RNA的转录后修饰为其多样化的功能奠定了基础。据估计RNA上有一百多种化学修饰,但绝大多数修饰的功能还鲜为人知。

近几年来,科学家们发现了一种可逆性的RNA甲基化——N6-methyladenosinem6A)。m6A是真核生物mRNA上最常见的一种转录后修饰,介导了超过80%RNA甲基化。m6A修饰非常普遍,出现频率大约是3-5个残基/mRNA。现在研究者们正在逐渐揭开mRNA甲基化的神秘面纱。(延伸阅读:高产学者Nature揭示RNA甲基化的新功能

目前的m6A分析方法主要是把methyl-RNA免疫沉淀和测序结合起来,称为MeRIP-Seq或者m6A-Seq。但这种方法只能将m6A残基定位在100–200 nt的转录本区域中,无法在全转录组水平上鉴定m6A的精确位置。

美国康奈尔大学的研究团队开发了一个可以获得单核苷酸分辨率m6A图谱的新技术,miCLIPm6A individual-nucleotide-resolution cross-linking and immunoprecipitation)。这项研究发表在六月二十九日的Nature Methods杂志上,文章的通讯作者是康奈尔大学的Samie R Jaffrey

研究人员认为,含有m6ARNA与相应抗体结合以后,反转录得到的cDNA会出现突变或者截断,这样就可以指示m6A的存在。他们用紫外光诱导m6A抗体与RNA交联,然后通过逆转录获得了代表m6A的特征性突变。

研究显示,上述操作也会在m6AmN6,2-O-dimethyladenosine)位点诱导特征性突变,m6Am修饰存在于某些mRNA的第一个核苷酸上。

研究人员基于miCLIP技术,在人类和小鼠中获得了m6Am6Am的单核苷酸分辨率图谱。他们还发现,核仁小RNAsnoRNA)也是一类含有m6A的非编码RNAncRNA)。

 

生物通编辑:叶予

生物通推荐原文:Single-nucleotide-resolution mapping of m6A and m6Am throughout the transcriptome

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普
  • 急聘职位
  • 高薪职位

知名企业招聘

热点排行

    今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 特价专栏 | 仪器云展台 | 免费试用 | 今日视角 | 新技术专栏 | 技术讲座 | 技术期刊 | 会展中心 | 中国科学人 | 正牌代理商

    版权所有 生物通

    Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

    联系信箱:

    粤ICP备09063491号