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RNA样本制备过程中实现NGS测序reads的初净化
【字体: 大 中 小 】 时间:2015年07月29日 来源:
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NGS,说起来简单,做起来难,说起来全是泪呀,*难的当属后期的数据分析。数百万个零碎片段,排好序,拼凑完,才能拿到数据库里进行比对和功能分析。殊不知,有时候比对出来的却不是你想要的转录组数据,而是核糖体rRNA的序列信息,这时候,你的心情如何?
NGS,说起来简单,做起来难,说起来全是泪呀,*难的当属后期的数据分析。数百万个零碎片段,排好序,拼凑完,才能拿到数据库里进行比对和功能分析。
殊不知,有时候比对出来的却不是你想要的转录组数据,而是核糖体rRNA的序列信息,这时候,你的心情如何?如果自己做数据分析,那么这种复杂的心情自不必多言;如果你是外包做NGS服务,那80%的无用数据,花掉的也是money啊 ,老板知道了会如何,你还想不想安全毕业了呢......
这是一种多么痛的领悟啊!
如果不对总RNA样本进行处理,做转录组测序后,实验室里兄弟们的后期状态大概是这样的:
你的状态是这样的,有没有?
痛定思痛,好好想想未来的路怎么走下去吧?如果继续沉沦于之前对RNA样本的不作为,那么以后的实验生涯就是上面所述的恶性循环了。不要在错误的道路上,越走越远误入歧途吧,现在是该改变的时候了。再也不要在实验室里累成狗了。
其实,你的生活是可以更美的...
如果你正在做人/大鼠//小鼠的转录组NGS测序,那么你的幸福生活来了。各位看官,请注意:
NEB的rRNA去除试剂盒NEBNext® rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)
推荐指数: ★★★★★
rRNA是什么?对转录组测序有何影响?
在总RNA样本中,核糖体RNA(rRNA)的丰度*高,占到总RNA的80%以上。这些rRNA所含的转录组信息很少,浪费了宝贵的测序资源,也让特定类型RNA的检测变得困难。如果只对转录组RNA信息感兴趣的话,就要事先去除这部分rRNA,从而*大程度的保留有效的转录组RNA信息,提高测序的数据质量。
rRNA去除试剂盒能带给用户什么好处呢?
与传统的poly A方法捕获总RNA样本中的mRNA方法相比,rRNA去除方法可以*大限度的保留转录组的数据,而且对于有降解的RNA样本,也会*大限度的保留全部转录组RNA的信息。因为rRNA去除试剂盒只去除“没用的”元素,*大限度的保留有用信息。听到这里,是否有种一见倾心,相见恨晚的赶脚?
NEBNextrRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) 的特点:
•高效去除超过99.9%的核糖体rRNA,保留转录组RNA信息
•从人、小鼠和大鼠总RNA样本中高效去除rRNA
•提高信噪比,带来低丰度RNA的灵敏检测
•充分利用测序技术,节约成本,提高有效信息量