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癌症检测新热点:基因集合检测

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2015年7月31日 来源:生物通

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  美国临床化学协会(AACC)年会于本周在亚特兰大召开。Howe及其他演讲者在研讨会上表示,基于新一代测序的基因集合利用单个检测来研究多个基因,周转时间较快,且费用与其他分析相当。对于癌症检测,基因集合通常包含50-500个基因。

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生物通报道 美国临床化学协会(AACC)年会于本周在亚特兰大召开。演讲者在会上表示,基因集合(gene panel)检测让临床医生能够将癌症患者的疾病分类,并确定治疗方案。

随着更多的基因变异与各种形式的癌症相关联,更多的药物针对那些特殊形式的疾病,医生也需要一种方法来确定哪些患者的肿瘤含有这些突变,他们是否会受益于靶向治疗。“基因集合检测的目标是发现可行动的基因,”耶鲁大学医学院的John Howe谈道。

Howe及其他演讲者在研讨会上表示,基于新一代测序的基因集合利用单个检测来研究多个基因,周转时间较快,且费用与其他分析相当。对于癌症检测,基因集合通常包含50-500个基因。

他们指出,许多公司都提供基因集合检测,包括Foundation Medicine、Genoptix和ARUP,以及Illumina、Thermo Fisher、QIAGEN等,但开发内部检测让临床医生和实验室能关注特定的基因,并快速更新集合。

演讲者也介绍了他们为血液和实体肿瘤而开发的基因集合检测。例如,Howe基于Ion Torrent PGM平台,开发出急性髓性白血病/骨髓增生异常综合征的基因集合。他指出,此集合包括了医生感兴趣、但商业化检测不完全覆盖的25个基因。

威尔康乃尔医学院的Helen Fernandes也开发出一种小型的综合癌症检测,覆盖实体瘤的50个基因,以及一种较大型的检测,覆盖大约300个基因。她指出,小型检测适用于发现某些热点中的突变,以便指导患者的诊断和治疗,而大型检测在临床试验中有着更大的作用。

基因集合检测的结果通常分为几大类,也并不是很明确。Fernandes将结果分成三个层次。第一层是可行动的变异,具有治疗、诊断或预后的意义。第二层结果是在学术研究中与癌症相关联,可能与临床试验相关。而第三层则包括与癌症广泛关联的突变,如TP53突变。Howe的分类也差不多:可行动的突变、在另一种癌症类型中发现的突变,以及意义不明的突变。

Fernandes介绍了一个77岁妇女的病例,她有两个甲状腺结节。基因集合检测发现,一个结节是甲状腺乳头状癌,带有BRAF V600E突变,而另一个是滤泡性乳头状癌,带有NRAS Q61R突变。她们利用Sanger测序证实了这些结果。Fernandes指出,BRAF突变与预后不良有关,而NRAS突变则不是。

此外,一名71岁男性出现一个肝脏肿块,同时伴有腹痛、黄疸和体重减轻。基因集合检测让Fernandes发现了肿瘤中的三个突变,分别是IDH1 R132H突变以及TP53和KIT突变。她指出,后两个是所谓的常客突变,而第一个通常出现在胶质瘤中。不过在数据库搜索后,她发现这些突变在肝癌中也很常见。这位患者目前已经参加了临床试验,在针对IDH1治疗后病情好转。

Fernandes表示,这些例子说明了新一代测序如何应用在临床,不过变异解释、监管环境不确定以及报销的问题仍然存在。(生物通 薄荷)

(http://www.ebiotrade.com/)
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