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锐博生物lncRNA ChIRP Probe,您的互作研究新方案

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2016年2月18日 来源:锐博生物

摘要:

  ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种同时分析lncRNA、蛋白及DNA三者互作关系的实验方法。利用lncRNA ChIRP probe可用于在全基因范围内定位lncRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子;结合蛋白质组学技术,可以鉴定lncRNA在染色质水平所结合的蛋白质。锐博生物结合自身优势,特向广大用户推出Ribo™ lncRNA ChIRP Probe,以加速实验研究进展。

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ChIRP( Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种同时分析lncRNA、蛋白及DNA三者互作关系的实验方法。利用lncRNA ChIRP probe可用于在全基因范围内定位lncRNA的结合位点和可能结合的其他RNA分子;结合蛋白质组学技术,可以鉴定lncRNA在染色质水平所结合的蛋白质。锐博生物结合自身优势,特向广大用户推出Ribo™ lncRNA ChIRP Probe,以加速实验研究进展。

产品特点:
• lncRNA全链覆盖探针设计,不受RNA复杂结构约束
• 超多位点设计探针,特异性捕捉目的lncRNA结合位点
• 自行混合Probe Pool,实现多种实验参照组合

经典ChIRP Probe设计及实验原则:

针对每个特定的lncRNA分子序列,按照100nt的步长设计长度为20个碱基长度的特异性反义核酸序列,并对所有序列进行编号,以奇数为一组,偶数为一组,合成末端修饰Biotin-TEG基团的lncRNA ChIRP probe。lncRNA ChIRP probe与交联的lncRNA分子复合物进行特异性杂交结合,通过末端修饰Biotin-TEG化学基团,利用链霉亲和素偶联的磁珠进行结合,纯化出目标lncRNA所结合的染色质复合体,最后从复合体中纯化出RNA、DNA和蛋白质用于后续的分析,以发现目标lncRNA的分子作用机制。混合后的奇数组探针库和偶数组探针库用于平行试验,作为内部参展,选取两组中相同检测的分子,排除非特异性的检出分子,提高实验的准确性。

产品订购:

产品编号

产品名称

规格

目录价

Varies

Ribo lncRNA ChIRP Probe (5’Biotin-TEG)

标准纯化 2nmol

380/

Varies

Ribo lncRNA ChIRP Probe (3’Biotin-TEG)

标准纯化 2nmol

580/

注:1)客户需提供lncRNA编号和待检测序列,公司将根据常规设计方式及客户要求进行设计和合成相应数量的lncRNA ChIRP Probe及相应的Biotin-TEG标记方式。
2)考虑lncRNA功能研究的不确定性,公司承诺ChIRP Probe合成质量,但不保证实验结果。

图1  Ribo™ lncRNA ChIRP Probe 实验流程及应用
(图片来源于Chu C, et al. Nature structural & molecular biology. 2015.)

ChIRP研究案例

一、ChIRP-DNA研究

利用ChIRP-Seq检测特殊lncRNA在基因组内结合位点和互作蛋白

研究者利用ChIRP-Seq鉴定了3个lncRNA在基因组DNA的结合位点。果蝇中lncRNA—roX2主要结合于雄性X染色体伴性基因,且更倾向分布于基因3’ 端的CES位点(chromosomal entry sites);人端粒酶RNA—TERC出现在端粒和Wnt通路基因上;HOTAIR lncRNA则优先出现在GA富集的DNA结构域,该区域是多梳蛋白结合域核心区,也是H3K27me3分布区。

   

图2  将lncRNA—roX2的ChIRP-Seq结果与MSL3蛋白的ChIP-Seq结果进行直接比较。
(图片来源于Chu C, et al. Nature structural & molecular biology. 2015.)

A:roX2 ChIRP-Seq结合峰与MSL3 ChIP-Seq蛋白结合峰在CES处有明显的重合,证明MSL3和roX2结合位点重叠;
B:roX2和MSL3在X染色体靶基因中主要分布于3’端转录终止位点(Transcription termination site)附近。

二、ChIRP-Protein研究

Xist lncRNA是X染色体失活的关键调控RNA。Howard Chang开发了一种基于ChIRP的质谱分析方法,ChIRP-MS,系统性鉴定了参与Xist非编码RNA功能发挥的81种结合蛋白,包括染色质修饰蛋白,细胞核基质蛋白,RNA重塑通路相关蛋白。

 

图3 采用ChIRP-MS系统性分析Xist功能发挥的重要结合蛋白(图片来源于Chu C, et al. Cell. 2015)
A) 在无RNase处理的情况下,通过ChIRP能够获取60%以上的Xist转录本;
B和C)通过Xist-ChIRP获取Xist结合蛋白电泳结果和WB。

参考文献:
[1] Chu C, et al. Technologies to probe functions and mechanisms of long noncoding RNAs. Nature structural & molecular biology. 2015.
[2] Chu C, Zhang QC, et al. Systematic discovery of xist RNA binding proteins. Cell. 2015.

(http://www.ebiotrade.com/)

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