同济大学Nature子刊解析lncRNAs与癌症

　　

生物通报道  来自同济大学，Dana-Farber癌症研究所等机构的研究人员，通过综合分析揭示出了前列腺癌中由长链非编码RNA（lncRNA）介导的一个海绵调控网络。这一研究发现发布在3月15日的《自然通讯》（Nature Communications）杂志上。

文章的第一单位归属同济大学，同济大学生命科学与技术学院与同济大学附属肺科医院的杜舟（Zhou Du）博士是论文的第一作者，通讯作者分别为Dana-Farber 肿瘤研究所功能性癌症表观遗传组学中心主任和同济大学生物信息学系教授并****讲座教授刘小乐（X. Shirley Liu），哈佛大学的Philip W. Kantoff教授，和德克萨斯大学MD安德森癌症中心的Yiwen Chen。

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越来越多的证据表明，lncRNAs可以发挥microRNA海绵功能，与microRNA竞争结合蛋白质编码转录物。然而，目前对于lncRNA介导对癌症的海绵调控其普遍性、功能意义及靶标仍知之甚少。在这篇文章中，研究人员通过综合分析肿瘤中lncRNAs和蛋白质编码基因的序列特征及基因表达谱，鉴别出了一个lncRNA介导的海绵调控网络，其影响了许多编码蛋白质的前列腺癌驱动基因的表达。

他们证实了两种lncRNAs(TUG1和CTB-89H12.4)的肿瘤抑制功能及它们在前列腺癌中对PTEN表达的调控。令人惊讶地是，其中的一个lncRNA：过去已知在PRC2介导的转录调控中发挥功能的TUG1，其功能取决于亚细胞定位。

新研究不仅揭示了lncRNA介导的海绵调控在癌症中的重要作用，还阐明了细胞质定位对一种海绵lncRNA效力的重要影响。

lncRNA是一类转录本长度大于200nt的非编码RNA产物，虽然不编码表达蛋白，但能够在转录、转录后和染色体修饰等多个层面，调控胚胎发育、细胞增殖、转移和分化等各种生命活动，其异常表达于多种肿瘤的发生发展密切相关。

2015年12月，德克萨斯大学西南医学中心的分子生物学家们发现了一个叫做NORAD的基因，帮助维持了细胞中染色体的正常数量，当NORAD基因异常激活时，会导致细胞中染色体数量不稳定——这是癌细胞的一个关键特征。过去，人们都是将蛋白质编码基因与维持细胞中染色体正常数量联系在一起。然而NORAD基因并不编码蛋白质，而是生成了一种长链非编码RNA（lncRNA）——以往从未发现这类分子在染色体维持中起重要作用。研究人员将这一重要发现发布在Cell杂志上（Cell揭示lncRNA全新功能）。

2016年2月，巴斯大学和剑桥大学的研究团队在Nature Communications杂志上发表文章，揭示了一种阻止细胞癌变的非编码RNA。他们希望这一发现可以帮助人们开发新的癌症疗法（Nature子刊：阻止细胞癌变的lncRNA ）。

2015年12月，德克萨斯大学MD Anderson癌症中心的Anil K. Sood领导研究团队发现，lncRNA在癌症代谢中起到了重要作用，通过影响癌细胞的糖酵解推动癌症发展。这项研究发表在Cell Reports杂志上（Cell子刊：癌细胞代谢与lncRNA ）。

（生物通：何嫱）

生物通推荐原文摘要：

Integrative analyses reveal a long noncoding RNA-mediated sponge regulatory network in prostate cancer

Mounting evidence suggests that long noncoding RNAs (lncRNAs) can function as microRNA sponges and compete for microRNA binding to protein-coding transcripts. However, the prevalence, functional significance and targets of lncRNA-mediated sponge regulation of cancer are mostly unknown……

作者简介：

刘小乐 (Xiaole Shirley Liu)

青年时代就读于天津南开中学, 1992 年考入北京大学生物系。 1994 年转学到美国史密斯女子学院 (Smith College) 双修生物化学和计算机科学, 三年后以最高拉丁荣誉毕业 (Summa Cum Laude, 授予全校积分最高的 1% 的毕业生)。2002 年于斯坦福大学取得生物医学信息学博士和计算机科学辅修博士学位后, 被直接聘为哈佛大学终身制助理教授。她目前担任哈佛大学公共卫生学院生物统计与计算生物学系的终身正教授、Dana-Farber 肿瘤研究所功能性癌症表观遗传组学中心主任, 和同济大学生物信息学系教授并****讲座教授。

研究领域：
刘小乐的工作侧重于基因调控机制的生物信息和计算生物学研究。她的科研组通过整合全基因组 ChIP-chip/Seq, 核小体定位, 组蛋白修饰, 基因表达谱, 基因组序列等数据, 构建转录与表观遗传调控的计算和统计模型。

成果与获奖:
刘小乐发表了 70 篇文献 (26 篇是(共同)第一或通讯作者), 包括 19 篇在 Nature/Cell 系列中 (其中 7 篇是(共同)第一或通讯作者)。根据 Google Scholar 统计她的 H-index 为 28，就是说她有 28 篇论文被引用超过 28 次。 她做过 26 场国际会议特邀学术报告, 在世界各地的大学与研究机构举行过 50 次讲座和研讨会。她担任 19 家期刊 (包括 Nature, Nature Genetics, Nature Review Genetics, 和Nature Biotechnology) 和 3 个国际会议的审稿人, 并且先后担任 Genomics, Annals of Applied Statistics, Biostatistics, 和 BMC Bioinformatics 的编委。她还参与了 9 个美国国内或国际科学会议的组织和程序委员会。