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你的实验室领取自己的云平台了吗[新品推荐]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2016年7月8日 来源:生物通

摘要:

  新一代测序自从大红大紫以来,数据分析一直是其痛点。几十到一百多bp的短读长想要拼接出几十G的基因组序列,需要极强的运算能力和数据储存能力。这催生了科研领域的云计算平台。高大上的云计算曾经是王谢堂前燕,但它已经做好准备飞入寻常百姓家。赶快注册属于您实验室的云,让云计算平台助您解决瓶颈打开桎梏,在大数据的新世界里展翅高飞!

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生物通:新一代测序自从大红大紫以来,数据分析一直是其痛点,几十到一百多bp的短读长想要通过运算拼接出几十G的基因组序,所需的数据分析运算堪称海量、所需的运算能力和储存的设备,以及信息学领域人才的缺乏曾一度令很多生命科学实验室望而却步。不过,还没修炼为信息学达人的生物学精英们也不能就此停步,毕竟新技术发掘的海量数据为我们带来了前所未有的机遇,怎么忍心错过。如果能把这些麻烦打包出去,不就简单多了?对海量运算能力和存储能力的需求,催生了科研领域的云计算平台。

李开复说,云计算是未来互联网三大趋势之一。其实随着iCloud等各种云空间、云盘的普及,各位对云端储存服务想必已经不陌生了。云计算平台除了拥有可按需租用的云端超大存储空间,从用户角度通俗点还可以理解为能提供强大运算能力的集成在线软件。无论身在何方,用哪台电脑,只要能联网就能召唤“云”:把数据上传云端后就可以存储或者分享给各地的合作伙伴、随用随取;还可以借助云计算在线软件和强大运算能力进行分析运算、我给你实验数据,你帮我算出结果再给我——这样就不需要添置新的服务器,节约经费和空间、节约电费、还不用请人维护硬件软件;也不需要购买昂贵的应用软件版权——有些软件一年没用几次又要付费升级,换个电脑用还要看看是不是单机版,实在坑爹;就算可以每台电脑都可以安装也占好大空间,安上几个软件电脑基本不用干别的了。所以啊,只要找到一个好用的云计算平台,您就可以解决一部分令人头疼的运算和存储的“瓶颈”,把这部分麻烦打包出去,在生命科学领域的大数据时代里不错过机遇。这可真是好应用!越来越多的实验室加入了云计算平台,云计算正在成为科学研究的一大助力,引领我们走出数据分析的泥潭。

科研云端谁家强  Thermo Fisher Cloud助你飞翔

对日渐信息化的生物学实验室,云计算平台确实是个好工具!选择好用的云计算平台很重要。实验室用的云平台首要考虑当然是安全稳健,其次是平台能提供多种您所需要的且好用的科研软件运算服务,最后当然还有性价比。综合考虑,Thermo Fisher Cloud是值得尝试的云计算平台。

1. 安全性和稳定性

要存储宝贵的实验数据,首先得要安全和稳定性。决不能出现数据丢失了找不回来了这种“一朝回到解放前”的悲催事件,或者平台关闭数据搬家的闹心事儿。

Thermo Fisher Cloud是一朵相当安全的云。Thermo Fisher是全球生命科学领域仪器设备和试剂耗材的最大的供应商之一,家底丰厚实力强,提供的服务一般相对稳定可靠。Thermo Fisher Cloud基于大名鼎鼎的亚马逊网络服务(AWS),具备可靠的监控工具和世界级数据中心。该平台使用顶级水平的电子监控和多因素存取控制系统进行保护,只有你自己和你指定的小伙伴才能访问你的文件。无论是运行能力,运行的稳定性可靠性,数据的安全性,亚马逊网络服务(AWS)都是世界顶级之选。他们拥有大批的世界一流的信息安全专家,多年反黑客的成功经验,数据中心安全性非常好,24小时全天候服务,在国内Google部分服务还不知何时才能稳定使用的情况下,AWS几乎是无出其右。这年头,连新浪微盘都会关闭存储业务,“友谊的小船说翻就翻”,选择世界级的大公司服务是有道理的,也有助于要降低“数据搬家”风险。从云服务供应商和平台服务商来看,Thermo Fisher Cloud都是一朵相当安全的云。

当然,作为一个好用的实验室云计算平台,仅有安全的云存储还是不够的,还得有众多好用的在线软件和免费工具呀!Thermo Fisher Cloud里藏着的好多宝贝,还在不断增加中,待生物通给你揭开一角,细细道来。。。。

2. 藏着宝贝的云上空间

作为实验室用的云计算平台,仅有云存储当然是不够的啦,还得要提供实验相关的各种设计软件和数据处理软件,以及所需的运算能力才算得上专业云呀。

对于科研人员来说,最称心的应用大概就是,当实验仪器运行结束,把运行结果上传云计算平台,经数据分析运行后返回数据处理结果。您就坐在电脑前等着接收结果,专注于探索结果背后隐含的生物学奥秘好了!不需要添置额外的计算机和软件!好爽!这么做实验,想想真是高端大气上档次啊!Thermo Fisher Cloud目前为旗下Ion测序仪开放了分析软件Ion Reporter。

应用之一:走向云端的NGS

新一代测序(NGS)的数据分析的庞大计算量早就让普通计算机力不从心了。以Ion系统的分析软件为例,Ion Reporter能识别SNPs、indels、CNVs、基因融合等变量,使用来自20多个公共数据库的注释,包括COSMIC、dbSNP和OMIM,能够满足NGS数据分析的多种需要,如果购买本地的软件加专项硬件需要五万多美金,还不计运行和维护成本。但是,它在Thermo Fisher Cloud上是完全!免费的!只要注册了云平台的用户就能节省5万多美金来使用Ion的测序数据分析!而且无论身在何处,只要能联网就能使用,不受限于某地的服务器!云端计算速度快,存储容量大,无需硬件维护,好处多多。瞬间好心疼那些花大钱买了软件的实验室。。。估计要哭晕在厕所了。

应用之二:CRISPR搜索和设计工具

说到生物圈这两年最火的名词,CRISPR当仁不让。不论你做不做基因组编辑,只要身在生物圈你不会没听过CRISPR。这么一串生僻的字母凭借自己的刷屏能力,硬生生扎根在我们的脑海中。

CRISPR是规律成簇的间隔短回文重复(Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats)的缩写。CRISPR与内切酶Cas9是一对好基友,细菌依靠它们组成的防御系统对抗外来侵略者。CRISPR-Cas9能够在引导RNA的指引下,靶标并切割入侵者的遗传物质。2012年研究者们利用这一特点,将CRISPR系统发展成了强大的基因组编辑工具。该系统使用简单而且扩展性强,很快便成为了生物学领域最耀眼的明星。

gRNA可以说是CRISPR系统的灵魂,gRNA设计得不好这个系统就无法起到应有的作用。为此,研究者们已经开发了三十多种软件工具。不过对于新手而言,找到一款适合自己的软件并不容易,需要反复尝试。现在,Thermo Fisher为大家提供了一条捷径。该公司在云计算平台Thermo Fisher Cloud上提供了经过优化和验证的CRISPR套装:Invitrogen™ GeneArt™ CRISPR搜索和设计工具。

Thermo Fisher专家已经预先设计了>600,000种CRISPR gRNA序列,这些序列已经过优化,可用于基因敲除,靶向各基因的前三个转录外显子。登录Thermo Fisher Cloud,你就可以通过CRISPR搜索工具,在这个庞大的数据库中寻找适合自己的预设计gRNA。搜索结果包括6条带有PAM位点的CRISPR靶序列、带有gRNA结合位点的外显子图谱和各CRISPR序列的潜在脱靶位点。在Thermo Fisher云平台上,你也可以自己设计CRISPR gRNA。CRISPR设计工具会用专利算法分析你的目的序列,进行从头gRNA设计。等你选好gRNA设计之后,可以直接加入购物车,轻松购买相关产品。

应用之三:走向云端的qPCR

定量PCR可以说是生命科学实验的中流砥柱,在分子生物学和生物医学研究中有着广泛的应用。Thermo Fisher云平台为这种经典技术提供了包罗万象的应用程序,比如相对定量、标准曲线、基因分型、设计和分析、高分辨率溶解(HRM)分析、以及存在/缺失分析。相对定量程序可以实现综合相关系数、火山图和聚类分析,并具备探索扩增曲线的能力。只要能连上网,无论身在何处用哪台电脑,上传数据就能随时随地开展分析,是不错的福利。Thermo Fisher 旗下ABI是响当当的qPCR仪品牌,他家提供的qPCR相关软件性能也错不了。

应用之四:走向云端的Sanger测序

Sanger测序是测序行当里地位超然的老大哥,大多数时候负责检验小辈儿们是否牢靠。Thermo Fisher也将这位老大哥请上了自己的云平台。Sanger测序的质量检查程序能自动检查CE序列追踪质量,变异分析程序可在Applied Biosystems测序数据中发现变异,Next-Generation Confirmation程序负责验证NGS检测到的变异。

                        我想了解云平台Thermo Fisher Cloud的更多信息

每个实验室拥有自己的一片云

创新技术不断涌现,加速推动科研进展的同时,也为我们打开更深层次的新视野,带来了几何级数增长的科研数据,这是我们的机遇,也是我们的挑战。过去数据的存储、分析和共享带来的问题,也将在创新的云计算平台技术前迎刃而解。

Thermo Fisher Cloud是一个专注于科研的云计算平台。这朵云为研究者们提供了存储、分析和分享数据的私密空间,还自带Thermo Fisher的产品资料作为福利。不论你身在何方,都可以通过web浏览器轻松访问自己的实验数据。这个平台使用起来就跟网盘一样容易,填入电子邮件地址和个人信息就可以注册使用,现在注册还可享受10 GB的免费存储空间。

Thermo Fisher Cloud是一朵儿非常方便的云,只要有网络你就能召唤它。你可以把文件放在电脑的云同步文件夹,通过Cloud Connect Utility将其上传云端,再用云上的程序进行数据分析。你也可以用这朵儿云与同事分享你的实验结果,或者将你的会议演讲或视频教程上传给同事观看。

高大上的云计算曾经是王谢堂前燕,但它已经做好准备飞入寻常百姓家。赶快注册属于您实验室的云,让云计算平台助您解决瓶颈打开桎梏,在大数据的新世界里展翅高飞!

场外篇

Q: 实验室断网,云再好用也用不了了吧?
A:哎!如果你是老板,就让学生换个能联网的地方继续干活,用云平台,哪里都一样的;如果你是学生,还是听老板的吧。。。(晕-)
Q: Thermo Fisher Cloud性价比如何?
A:现在注册免费享有10GB空间,不妨一试。存储空间未来还会不断降价,就像测序价格一样,按需购买就行,及时享受升级换代和不断降价,还免维护。

(http://www.ebiotrade.com/)
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