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非编码RNA研究不可错过的新工具[新品推荐]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2016年8月19日 来源:生物通

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  在mRNA的耀眼光芒下,非编码RNA(ncRNA)一直都是默默无闻的配角。如今,这些ncRNA,包括microRNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)逐渐登上舞台,赢得科学家的关注。非编码RNA有望作为癌症、自闭症、阿尔茨海默病等疾病的生物标志物。研究人员也能够从无创的液体活检样本中检测ncRNA,从而更好地诊断和治疗疾病。现在,我们就来看看ncRNA工具方面的一些进展。

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在mRNA的耀眼光芒下,非编码RNA(ncRNA)一直都是默默无闻的配角。如今,这些ncRNA,包括microRNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)逐渐登上舞台,赢得科学家的关注。非编码RNA有望作为癌症、自闭症、阿尔茨海默病等疾病的生物标志物。研究人员也能够从无创的液体活检样本中检测ncRNA,从而更好地诊断和治疗疾病。现在,我们就来看看ncRNA工具方面的一些进展。

分离ncRNA

在ncRNA研究中,研究人员通常纯化出总RNA,再利用引物扩增出感兴趣的ncRNA。对于这个过程的第一步,许多厂商提供了RNA制备试剂盒。例如,QIAGEN提供了一系列试剂盒,它们的不同之处在于所分离RNA的大小。RNeasy试剂盒可分离100 nt及以上的总RNA,而miRNeasy试剂盒可分离18 nt及以上的总RNA。其他厂商也提供相关产品,包括Bio-Rad、Clontech、Epicentre、Promega、Thermo Fisher Scientific和Zymo Research。

随着人们对液体活检的兴趣渐增,QIAGEN也推出了相应的解决方案。据QIAGEN全球产品经理Brian Dugan介绍,exoRNeasy主要用于exosomes的纯化和富集,然后开展总RNA的分离。这家公司也提供miRNeasy血清/血浆试剂盒,稍作修改可用于生物体液。此外,QIAGEN最近还推出了测序lncRNA(和mRNA)的靶向RNA测序试剂盒。

分离ncRNA也是临床肿瘤研究人员的目标,他们希望“通过生物标志物让疗法与患者相匹配,从而实现更好的个性化治疗,”赛默飞世尔的样品制备总经理Jeffrey Franz谈道。“除了检测癌症相关突变,研究人员也希望从RNA中获得信息,指导二线的药物治疗。”不过,那些研究人员正在寻找更高通量的RNA工具。

ncRNA的新工具

许多总RNA提取试剂盒都享受了离心柱的便利,不过,样品通量可能成为限制因素。新的分离工具,如赛默飞的MagMAX™ mirVana™ Total RNA Isolation Kit,通过使用磁珠来加快实验进度。这项操作可手动开展,也能放在自动化流程中,实现每次96个样品的更高通量。

Brian Brown是西奈山伊坎医学院的副教授,他参与了NIH资助的免疫基因组计划(Immgen)。“Immgen的一个目标是确定整个免疫系统的microRNA调控网络,并让它成为科学界的公共资源,”Brown说。“我们的分析包括许多稀有的免疫细胞亚群,如NKT细胞和γδT细胞,它们极其罕见,我们分离到的不足1万个。”

Brown利用QIAGEN的miScript平台开展miRNA图谱分析,因为miScript预扩增系统对处理低丰度样品特别有用。他还利用miScript PCR芯片来分析数百个miRNA。总体来看,Brown认为QIAGEN的工具很有价值,因为它们是一致的。“miScript平台是我们工作中不可缺少的一部分,因为有了它,即使不足1万个细胞也能开展全基因组miRNA分析,”他说。

MilliporeSigma提供的ncRNA工具包括RNA免疫沉淀(RIP)分析,它分离出ncRNA及与之结合的小伙伴。Magna Nuclear RIP™试剂盒可协助研究人员分析与染色质关联的RNA,如lncRNA或miRNA。而Magna ChIRP®试剂盒则是新的RNA纯化染色质分离产品(ChIRP),可分离出lncRNA并研究它们在疾病中的调控作用。

MilliporeSigma的高级产品经理Christian Nievera表示,目前研究人员正在使用该公司的工具来研究ncRNA与疾病之间的关联。“miRNA的例子是let-7,它在调控DICER和c-myc基因表达上发挥关键作用,是癌症和心血管疾病的潜在治疗靶点,”Nievera说。“同时,ChIRP分析也被用于非编码RNA及基因调控的研究,包括lncRNA THRIL如何调控TNFα的表达。”

了解QIAGEN的ncRNA分离和检测产品

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