MATCHMAKER EXCHANGE：基因突变与疾病的关联

　　

生物通报道：去年秋天，千人基因组计划(1000 Genomes Project)揭示了人类基因组中8800万个突变，但科学家们并不清楚其中大部分突变对于人体健康的意义。而且遗传变异与疾病之间的已知关联，其实很多也并不明确。科学家们如何能准确确定哪些基因或遗传变异是真正有害的呢？

MATCHMAKER EXCHANGE
www.matchmakerexchange.org

Matchmaker Exchange是一个专注于把人类基因和临床特征联系起来的独立数据库网站。目前这一平台主要依靠三个已有的数据库，未来也许能吸纳更多数据，Matchmaker Exchange 除了能收集整理基因-疾病信息，而且也能联合从事罕见病研究的研究人员，共享信息和合作研究。其最终的目标是帮助研究人员能针对某个因果关系基因构建更为可靠的病例，并发布这些信息，因为实验室中的许多罕见病候选基因并未发布，Rehm说。

（配对︰ Matchmaker Exchange最初是由PhenomeCentral, GeneMatcher 和 DECIPHER (虚线箭头)交换构建的，但这个平台很快就能查询更大数量的数据库，每种数据都会给了解罕见遗传学疾病带来各种不同的方法。

工作机理：Matchmaker Exchange的各大数据库：

GeneMatcher
创建一个你感兴趣的基因条目。如果有两人创建了同样的基因条目，那么数据库（会无法搜索）就会给他们发送一封电子邮件。截至今年5月，已经有来自55个国家的1,675 位用户呈递了4,459 个基因，其中1,200个基因获得了超过5,200的匹配。

GeneMatcher的共同创建者之一，约翰霍普金斯医学院的Nara Sobreira说，“它将大家召集在一起，了解患者的详细病症，关联基因的突变。”患者也可以用这一工具。

一些研究也采用了这一方法，比如来自贝勒医学院的研究人员通过 GeneMatcher 再次分析外显子组数据，并利用配对工具寻找相似病例，可提高诊断率。

他们目前在GeneMatcher网站，找到世界各地的其他医生和研究人员，其患者或动物模型有着相同基因的突变。通过GeneMatcher交换项目提供的应用程序界面，提交者还可以查询PhenomeCentral和Decipher数据库。

PhenomeCentral
临床医师和科学家利用 PhenomeCentral 分析表型，PhenomeCentral能帮助用户将罕见，未命名的疾病与Human Phenotype Ontology联系起来。而且也能调用 Exomiser 软件包，过滤和分析每个病例匹配的基因。

DECIPHER
这个基于 web 的数据库汇集了各种生物信息学工具，能帮助临床医师解释变异，并在共享突变和临床数据的基础上进行配对。数据库中有几种方法可以用于配对，比如，非注册用户能搜索DECIPHER中开放患者记录，这覆盖了56,000个表型，1,200 个序列突变，以及28,000个拷贝数变异，和关联数据提交人。用户也可以将自己的项目提交上去，分享已获患者同意的数据，匹配其他研究人员的数据。

未来还将有更多数据库即将上线，包括患者门户网站，如PEER，PatientKind，ClinGen的 GenomeConnect，以及Monarch Initiative的模式生物数据库。

如何入手：

你需要针对这三个数据库中之一创建一个单一日志，挑选最适合你数据，以及有你最想知道问题的数据库。创建一个条目需要大约10分钟，然后就可以筛选其它你想要查询的其它数据了，Buske 说。

注意事项：

使用Matchmaker Exchange的一个理想时间是在项目的晚期，此时你已经有了一个候选基因，或者两个关联基因，基因已确定因果关系，不过你并不清楚哪一个更加匹配你的案例。

（生物通）