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单细胞水平的TCR分析:SMARTer Human scTCR a/b Profling Kit

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2017年12月13日 来源:Takara

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  日前重磅推出的SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit, 为那些寻求在单细胞水平上进行的T细胞受体(TCR)库进行NGS分析的研究者提供了一种强大的新的解决方案。

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T 细胞属于免疫细胞。每一个T细胞表面都有一个特异的 T 细胞受体 (TCR),其作用是识别抗原。目前对T细胞受体(TCR)的主要研究方法之一是对其Alpha和-Bata链进行测序。

尽管批量T细胞测序有助于进一步了解TCR多样性。但是,以群体细胞为目标的批量测序不能确定T细胞群内特定的alpha-beta 受体链配对信息。而在单细胞水平分析TCR的价值在于:针对特定的TCR alpha-beta链配对介导抗原特异性,我们都可以获得与之相对应的配对信息。这对于深入了解抗原识别,靶向免疫治疗TCR的有效设计至关重要,也有助于确立T细胞群的祖先关系。

日前重磅推出的SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit, 为那些寻求在单细胞水平上进行的T细胞受体(TCR)库进行NGS分析的研究者提供了一种强大的新的解决方案。

在SMART cDNA Synthesis中通过采用一系列indexed oligo可以将手动或FACS分选的96个样品制成12个测序pool,并且这12个pool可以进一步混合,这样所有的96个样品可以在一个flow-cell lane 中测序。与用于大量样品测序的SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit 一样,试剂采用了SMART cDNA synthesis和RACE方法,通过进一步的TCR基因特异性PCR完整捕获和扩增TCR-alpha 和TCR-beta可变区构建Illumina测序文库,为TCR测序提供了一种高灵敏度的方法。


 
图1 在单细胞水平进行T细胞研究的优势。

Panel A. T细胞受体alpha链 (TCR-α) 和beta链组成示意图。 Panel B. 示意了难以从批量细胞测序数据中获得alpha链 (TCR-α) 和beta链配对信息。针对稀有克隆型可以分析部分细胞中的配对信息(橙色克隆型),但是对于高表达的克隆型(TCRA V2J1, TCRA V2J2, TCRB V3D1J1, TCRB V2D1J2)可能有4种配对组合。


 
图2 SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit技术流程。

Panel A.dT引物(RT引物)起始合成第一链cDNA。通过RT在第一链cDNA末端添加额外核苷酸序列(称为“SMART sequence”),进行模板转换步骤。经过pool(Panel B所示)和纯化后,通过连续两轮基因特异性PCR扩增来自于TCR-α 和/或 TCR-β可变区的cDNA序列。Panel B. 按列混合样品,使每个pool中包含8个细胞,每个细胞带有不同index的SMART-Seq Indexed Oligo 。在PCR 2中通过正向和反向HT indexes的不同组合使用,将多样品进一步混合在一个flow-cell lane 中测序。


 
图3 96孔板中混合细胞群的分析。

Panel A. 基于鉴别每孔的克隆型确定细胞种类。遗漏的7个细胞没能通过对高于阈值的TCR-α 或TCR-β的reads数分析确定克隆型。Panel B. 配对信息分析。分析获得了平板中34个细胞的TCR-αβ配对克隆型。Panel C. 以百分比展示了分析细胞的alpha,beta,或alpha-beta配对信息。遗漏的细胞没有包括在分析数据中。

(http://www.ebiotrade.com/)

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