首款单核RNA测序的高通量芯片现已上市

【字体: 时间:2017年09月12日 来源:生物通

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  高通量的单核RNA测序方法——DroNc-Seq才刚刚在《Nature Methods》上发表。一转眼,相应的芯片已经上市。Dolomite Bio公司针对DroNc-Seq推出一款新的芯片,可实现高通量的单核RNA-Seq分析。

  

生物通报道  高通量的单核RNA测序方法——DroNc-Seq才刚刚在《Nature Methods》上发表。一转眼,相应的芯片已经上市。Dolomite Bio公司针对DroNc-Seq推出一款新的芯片,可实现高通量的单核RNA-Seq分析。

DroNc-Seq方法在Broad研究所的张锋(Feng Zhang)和Aviv Regev领导下开发。它融合了单核RNA测序方法sNuc-Seq和微流体技术,能够对结构复杂组织的基因表达进行大规模的并行测定。(延伸阅读:张锋团队开发出高通量的单细胞RNA测序方法

在各种分辨率都迅速升高的今天,一大团细胞的研究结果显然不能满足人们的需求。通过单细胞RNA-Seq分析,研究人员能够了解肿瘤异质性和克隆演化,比如研究癌症干细胞、了解耐药性等。他们也可以了解复杂的组织,如大脑中各种类型的神经细胞。

然而,对某些样本而言,分离单细胞的过程很漫长,会影响基因表达谱,也不能准确反映细胞类型的真实比例。作为一种新颖的单细胞分析方法,DroNc-Seq使用分离的细胞核,而不是整个细胞。细胞核可快速轻松地从冷冻组织中分离。值得一提的是,所获得的转录组与来自全细胞的转录组很相似,不过细胞核RNA和pre-mRNA的比例略高。

Dolomite Bio之前推出了一款scRNA-Seq芯片,可实现低通量的单核RNA-Seq分析。如今,这家公司改进了scRNA-Seq芯片,以便生成更小的液滴,从而低成本、高通量地分析数千个细胞核。这款芯片很快将正式推出。

单核RNA-Seq芯片可以与Dolomite Bio的单细胞RNA-Seq系统兼容。这是一款基于微流体的系统,之前为Drop-seq应用而开发。它将带有条形码的mRNA捕获珠、细胞裂解液以及数以万记的单细胞分布在分散的液滴内。细胞在液滴中裂解,捕获珠可以捕获单细胞转录的mRNA,降低RNA酶的降解几率,从而提高测序的准确性。(生物通 薄荷)

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