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乳腺癌的ctDNA分析,需注意采血管的影响

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2017年9月5日 来源:生物通

摘要:

  为了分析乳腺癌患者的ctDNA突变,研究人员已经开发出一些高度灵敏的数字PCR(dPCR)技术。不久前,Hrebien等人研究了dPCR检测的重现性。他们的研究重点是即时和延迟采血管处理的差异及其对重现性的影响。

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循环肿瘤DNA(ctDNA)存在于血浆和血清中,是来源于肿瘤的DNA片段,大小约为160-180 bp。与正常的游离DNA(cfDNA)相比,ctDNA的不同之处在于携带体细胞突变。考虑到肿瘤的组织活检是侵入性的,耗时费力,因此,基于ctDNA的液体活检代表了一种替代或互补的方法。

乳腺癌是全球女性的头号杀手。对于患有乳腺癌的个体,在她们的ctDNA中可以检测到几种突变,包括单核苷酸变异(SNV)、拷贝数改变(CNA)和结构变异(SV)。通过ctDNA的检测,人们有望监控肿瘤负荷,确定治疗反应和耐药性,检测微小残留病,并了解肿瘤异质性和克隆进化。

为了分析乳腺癌患者的ctDNA突变,研究人员已经开发出一些高度灵敏的数字PCR(dPCR)技术。不久前,Hrebien等人研究了dPCR检测的重现性。他们的研究重点是即时和延迟采血管处理的差异及其对重现性的影响。

ctDNA作为诊断工具时,一个潜在的挑战是需要在采血后迅速处理EDTA管。不过,这种即时分析往往不容易实现,故研究的重点就放在使用添加了稳定剂的血液采集管能否提供与EDTA管相同的ctDNA数据。

研究人员采集了71例转移性乳腺癌患者的配对血液样本,将其放置在EDTA采血管中,2小时内处理,或放在Streck游离DNA采血管中,在48-72小时之间处理。他们随后利用QIAGEN的QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit分离出cfDNA,并通过数字PCR检测了PIK3CA、ESR1及ERBB2中的突变。

检测结果表明,Streck管的ctDNA分析在突变检测上具有很高的重现性,但在检测低丰度突变上还存在一些局限性。他们还发现,采用Streck管在室温下运输血液样本,比冷藏运输EDTA管更有利,让临床应用更加轻松。

不过,Streck管也存在一个问题,那就是虽然这些管保留了循环肿瘤DNA,但总DNA含量相对于EDTA管有所升高。尽管高分子量DNA的增加并不影响ctDNA分析的灵敏度,但研究人员指出,这有可能影响ctDNA测序。

QIAGEN最近也针对ctDNA开发出一种采血管——PAXgene Blood ccfDNA管。这种管采用了一种非交联反应的稳定剂,可有效防止溶血及基因组DNA的释放,特别是防止对DNA的交联反应修饰。采集后的全血可在室温下放置10天。此外,QIAGEN还有纯化和分析ctDNA的一整套解决方案。(生物通 余亮)

了解QIAGEN的循环肿瘤DNA采集和分离产品

参考文献

Hrebien, S. et al. (2016) Reproducibility of digital PCR assays for circulating tumor DNA analysis in advanced breast cancer. PLoS One 11, doi: 10.1371/journal.pone.0165023.

(http://www.ebiotrade.com/)
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