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破解第三代转录组多样本混测的技术难题

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2018年1月2日 来源:宝盈同汇

摘要:

  Tiosbio的第三代全长转录组文库构建试剂盒,采用独特的引物设计系统,兼容PacBio和nanopore测序平台。同时,使测序得到片段为mRNA全长。简化建库步骤,使建库效率提高40%。采用自主知识产权的bacode设计,减少数据损失,增加样本通量。

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北京宝盈同汇生物技术有限公司推出了国内首款具有完全自主知识产权、兼容PacBio和Oxford Nanopore测序平台的第三代转录组文库构建试剂盒。该试剂盒由北京宝盈同汇生物技术有限公司研发团队研发,通过与中国农业科学院作物科学研究所刘君研究员和中国农业科学院生物技术研究所王欢研究员共同开发完成,并同天津生物芯片技术有限责任公司、武汉未来组生物科技有限公司合作完成测试工作,11月19日和12月7日成功完成PacBio RSII平台和Oxford Nanopore平台单个cell进行多样本全长转录组混合测序的测评工作。由于目前中国区尚未销售Oxford Nanopore的全长转录组文库构建试剂盒,北京宝盈同汇生物技术有限公司实质上进行了国内Oxford Nanopore全长转录组的首测。

北京宝盈同汇生物技术有限公司研发的Tiosbio®全长转录组文库构建试剂盒与市场上的同类产品相比具有以下特点:

1. 反转录体系缺失RNase H活性,延伸能力强,适用于较长的cDNA合成。该反转录体系具备卓越的末端转移酶活性,实现mRNA5′末端模板的高效跳转,可以获得高比例的全长cDNA文库。

2.具有自主知识产权的反转录引物和扩增引物。通过对反转录引物的特殊修饰,实现了试剂盒能够蓝冰运输,-20℃贮存,大大降低了试剂运输和贮存成本。而扩增引物的独特修饰方式确保了输出数据均为全长数据,大幅降低了下机数据的背景和噪音,使数据的后续处理更为方便和快捷。

3. 完美地兼顾PacBio RSII平台和Oxford Nanopore平台的后续操作,操作流程与两大测序平台实现无缝对接。PacBio测序平台适用试剂盒去除了DNA损伤修复和末端修复步骤,使建库效率提高40%;Oxford Nanopore平台去除了末端修复步骤,使建库效率提高20%。大幅缩减了相应的试剂和人工成本,真正意义上实现了一天内完成全长转录组的建库工作。

4. 研发了适应第三代转录组文库构建的离心柱型PCR产物纯化试剂盒,在5 min内即可去除单链扩增产物、引物二聚体和小于500bp的双链扩增产物,大幅增加长距离PCR产物与测序接头的连接效率,避免了小片段扩增产物在测序芯片中占位造成的测序资源浪费,提高了测序粗数据的输出质量。

5. 独特的barcode设计,破解了因第三代转录组测序平台高错误率,无法在单个cell完成多个样本转录组文库混测的技术难题,大幅提高了三代测序平台的样品通量。

(http://www.ebiotrade.com/)
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