《Nature》子刊发布新工具洞察“不一样的” 胶质母细胞瘤

【字体: 时间:2018年10月23日 来源:生物通

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  Baker动物健康研究所Charles Danko课题组采用一款新工具,鉴定出了胶质母细胞瘤中驱动肿瘤生长的活跃遗传开关,结果发表在《Nature Genetics》,这些分子开关有的与患者生存时间相关。

  

胶质母细胞瘤(Glioblastoma)是一种侵袭性癌症,形成于大脑或脊髓。“这是一种毁灭性的疾病,目前没有什么好治疗方案,”文章一作、Danko实验室的研究生Tinyi Chu说。“即使患者接受治疗,大多数也只能再活15个月。”

新研究中,Danko课题组与纽约州立大学上州医科大学的同事合作,分析了20个胶质母细胞瘤样本。与以往不同的是,他们采用了一种名为ChRO-seq(chromatin run-on and sequencing)的新技术,创建了一张哪些开关是激活的、以及它们开启了哪些基因的癌症基因调节图谱。

“包括癌症在内许多疾病基本上是因为基因使用方式不对,而不一定是基因本身问题,”生物医学助理教授Danko说。“基因只占我们基因组百分之二,而一些被称为转录因子的分子与基因组结合打开或关闭这些基因,从而触发引起疾病的细胞变化。”

文章合著者、康奈尔分子医学和遗传学助理教授Hojoong Kwak在康奈尔大学读研期间发明了ChRO-Seq,他与Danko课题组合作开发了这项技术的新应用。

利用ChRO-Seq数据,研究小组将胶质母细胞瘤分为不同亚型,再与健康脑组织相比,发现了不同肿瘤中活跃的特定开关。他们选取3个开关(其中2个与疾病的关联是前所未知的),将在进一步研究中测试它们的功能,并以此预测哪些患者的生存时间可能更长。

Chu正在分析更大规模的胶质母细胞瘤,将患者生存和治疗效果与肿瘤内的活性开关联系起来。他希望这项技术能为患者提供个性化的治疗策略,或者有助于开发新疗法。

此外,新技术不止能用于癌症研究,诸如由于基因调节失调引起的某些类型的心脏病或自身性免疫疾病,“ChRO-seq可以给你许多信息,关于细胞内开关如何打开肿瘤或病变细胞,”Danko说。“它给你一个起点,帮你思考如何正确地关闭致病开关。”

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原文检索:Chromatin run-on and sequencing maps the transcriptional regulatory landscape of glioblastoma multiforme

(生物通:伍松)

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