单细胞链特异性RNA-seq分析

【字体: 时间:2018年12月12日 来源:Takara

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  重要的技术革新总是由“如果”开始。比如,如果样本是单细胞,如果还想同时分析编码和非编码RNA,如果还想知道链来源信息……这么多如果想要实现,怎么办? 选择SMART-Seq® Stranded Kit,以上“如果”统统实现!

随着NGS技术的不断发展,单细胞转录组测序也逐渐成为大家尤为关注的研究。单细胞测序的技术不断涌现,也有多种方法可以选择。

但是,重要的技术革新总是由“如果”开始。比如,如果样本是单细胞,如果还想同时分析编码和非编码RNA,如果还想知道链来源信息……这么多如果想要实现,怎么办? 选择SMART-Seq® Stranded Kit,以上“如果”统统实现!

SMART-Seq® Stranded Kit的特点有哪些,现在开始大公开!

与众不同的技术!
不需要进行核糖体RNA去除的前处理操作!采用特别的ZapR技术,在文库制备过程中将核糖体RNA来源的cDNA切断!

省时省力的操作!
从1–1,000个细胞,到10 pg-10 ng的总RNA都可以作为起始,整个流程仅需7 h即可完成文库制备!

恰到好处的包容!
编码RNA和非编码RNA在内的全部转录组,都能准确检测!同时保留链特异性,更加准确!

精益求精的态度!
适用于多种样本。包括激光捕获显微镜(LCM),组织活检,液体活检,cfRNA,脊髓液等珍贵样品,或者是FFPE等降解样品!

不同起始量总RNA起始,构建高品质文库!

以人脑总RNA 10 pg至10 ng不同量起始,使用SMART-Seq Stranded Kit制备RNA-Seq文库。由上述图可以看出,其重复之间相关性系数非常高(Pearson/Spearman表示)。即使起始量为10 pg时,也具有非常高的重现性。

不同起始量的细胞起始,构建高品质文库!

利用FACS分离出A375细胞,分别以1-1,000个细胞起始,使用SMART-Seq Stranded Kit制备测序文库。由上述数据表明,该SMART-Seq试剂盒具有1-1,000个细胞的稳定建库性能。

SMART-Seq可以实现与SMART-Seq v4相当的灵敏度和再现性!

通过FACS分离的K562单细胞,使用SMART-Seq试剂盒与单细胞RNA-seq试剂盒SMART-Seq v4 Ultra(合成cDNA用Nextera® XT DNA制备文库)进行了文库制备,然后进行NGS测序分析。

Panel A 每个试剂盒鉴定的转录物总数(FPKM> 1)非常相似,共有84%重叠。其中, SSv4鉴定了19,331个转录本,SMART-Seq鉴定了19,106个转录本(图A)。
Panel B 两个试剂盒鉴定的单细胞转录本数量相似。
Panel C 两个试剂盒表达的所有细胞的转录物水平的重现性(Pearson系数)是相似的。
总的来说,这些数据显示了SMART-Seq试剂盒可以实现与SSv4试剂盒相当的灵敏度和重现性。

(以上数据均来源于Takara Bio Inc.)

SMART-Seq Stranded Kit为单细胞转录组分析提供了一个不同寻常的解决方案!所以如果您的样本是单细胞或非常微量的total RNA样本,希望能分析编码和非编码RNA,希望能提供链特异性等,都可以选择它!

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