为了实现同时准确分析单细胞的SNV和CNV,Takara推出了它!

【字体: 时间:2018年12月11日 来源:Takara

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  单细胞测序近年来也是比较热门的研究方向,各种技术不断推出,百花齐放。如何从中取舍,清清楚楚明明白白真真切切的得到想要的结果呢?

单细胞测序近年来也是比较热门的研究方向,各种技术不断推出,百花齐放。如何从中取舍,清清楚楚明明白白真真切切的得到想要的结果呢?

小编借你一双慧眼吧,选择Takara新推出的SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit,让你从此不再雾里看花,水中望月!

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit是在PicoPLEX技术基础上,对其中的酶、引物protocols进行了进一步优化和升级。可以固定细胞或非固定细胞起始,只需简单的4步操作流程,即可在3小时内完成Illumina NGS文库的构建,且手动操作时间非常短。

升级后的看点有哪些,让小编为您一一揭秘。

适用的细胞类型进一步拓宽:可用于癌症研究,如循环肿瘤细胞(CTC),激光捕获显微切割(LCM)细胞或DNA,以及细针抽吸(FNA)细胞等;也可用于生殖健康研究,如胚胎细胞和循环胎儿细胞;以及用于发育生物学研究,如胚胎细胞,干细胞和稀有细胞;还可以用于宏基因组学和微生物学研究,如微生物细胞,微生物组和环境样品。

适用的检测范围进一步完善:不仅保持了拷贝数变异(CNV)和染色体异倍性的高水平检测,同时实现单核苷酸变异(SNV)、Indel和其他SV的高准确度检测,并且大幅提升了扩增的覆盖度和均一性。在SNV和CNV检测方面优于MDA技术!

PicoPLEX® Gold 与A 产品(MDA法)覆盖度、均一性和再现性的比较

Panel A. 图中显示,以单细胞起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。在不同深度的测序中覆盖的碱基数 (~35M read pairs,PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在较低深度的覆盖度与A产品 (MDA) 相似,在较高深度的覆盖度高于A产品(MDA)。

Panel B. 以gDNA样本 (NA12878) 和单细胞样本 (GM12878) 起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增。红色虚线区域,MDA明显没有扩增出来,但PicoPLEX® Gold则非常均匀的覆盖!PicoPLEX® Gold是更可靠的SNV检测的选择!

Panel C. 以单细胞起始,使用PicoPLEX Gold和A产品进行全基因组扩增,评估覆盖度的重现性。与A产品 (右) 相比,PicoPLEX Gold (左)在两个单细胞群之间的一致性明显更好。

(数据均来源于Takara Bio Inc.)

PicoPLEX® Gold 与A 产品(MDA法)SNV检测的比较

Panel A. 以单细胞(1c),5个细胞(5c)或15 pg的 NA12878 gDNA起始,比较A产品(MDA),PicoPLEX Gold(PP Gold)和SMARTer PicoPLEX WGA(PP WGA)这3个试剂盒之间的SNV检测率。其中1个和5个细胞的测序深度为35M read pairs, gDNA样品深度为40M read pairs。与A产品(灰色)和PicoPLEX WGA(紫色)相比,PicoPLEX Gold(蓝色)有高的保真度和覆盖度,可以高质量的检测更多的SNV(2-9倍),具有明显的优势。

Panel B. PicoPLEX Gold(蓝色)的B等位基因频率的对称分布,以0.5为中心,展示两个等位基因的平衡情况。与A产品(MDA)相比,PicoPLEX具有更好的等位基因平衡(灰色)。

Panel C. PicoPLEX Gold的无偏扩增, 在测试的所有单细胞文库制备技术中,表现出最低的等位基因脱扣率(假阴性)。

Panel D. PicoPLEX Gold试剂盒中的聚合酶具有高保真度(蓝色),使得等位基因插入率与A产品(灰色)相当,且显著低于PicoPLEX WGA(紫色)。

(数据均来源于Takara Bio Inc.)

希望PicoPLEX Gold作为一剂良方,帮您看清单细胞全基因组测序的纷扰!

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