四种单细胞RNA-Seq平台大比拼[心得点评]

【字体: 时间:2018年04月26日 来源:生物通

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  针对如今热门的单细胞RNA测序分析,市场上涌现出多个平台。这些平台的性能究竟如何?近日,生物分子资源实验室协会(ABRF)的研究人员展开了比较,并在年会上公布了结果。

针对如今热门的单细胞RNA测序分析,市场上涌现出多个平台。这些平台的性能究竟如何?近日,生物分子资源实验室协会(ABRF)的研究人员展开了比较,并在年会上公布了结果。他们发现,不同单细胞RNA测序平台的表现相当,但各有缺点。

ABRF的基因组学研究小组测试了一系列单细胞RNA测序方法,希望能帮助研究人员选择最适合的平台。他们利用处理和未处理的乳腺癌细胞系,比较了多个平台在易用性、成本和时间上的差异,包括Fluidigm、WaferGen(Takara旗下)、10x Genomics和Illumina/Bio-Rad。

在实验过程中,研究人员使用了SUM149PT细胞,它们或经过组蛋白去乙酰酶抑制剂TSA处理,或经过DMSO处理,并在WaferGen iCell8、Fluidigm C1、10x Chromium Controller或Illumina/Bio-Rad ddSEQ平台上开展分析。他们测试了两个版本的C1,包括96 IFC和HT-IFC。

据美国罗切斯特大学的John Ashton介绍,每个平台大约分析了4,000个细胞,不过Fluidigm除外,因为Fluidigm方法的细胞捕获能力较低,两个版本分别为96个细胞和400个细胞。

与此同时,研究人员还开展了大量细胞的测序,作为“真实的背景”。 Ashton指出,各个平台的表现大体相似,但不如大量细胞的测序。不过,Fluidigm平台的表现略好一些。各个平台都没有达到基因检测的饱和,表明它们在测试条件下的灵敏度相似。

当然,“没有一种技术没有错误,”Ashton表示。他和他的同事发现了一些检测偏倚,主要是由于GC含量或基因长度。

各种单细胞方法在捕获效率上也各不相同。例如,10x Genomics平台的捕获效率为65%,WaferGen平台的效率为30%,而Illumina/Bio-Rad平台仅为3%。

Ashton认为,总体而言,各种单细胞RNA测序方法都能够区分处理和未处理的细胞。然而,有些平台的异常值更多,而有些平台能够更好地分辨处理组。

此外,不同单细胞RNA测序平台在易用程度和周转时间上也有所不同。研究人员认为,10x Genomics和Illumina/Bio-Rad方法易于使用,而Fluidigm HT-IFC方法难以使用。同样地,Fluidigm HT-IFC方法耗时最长,达到12个小时,而96 IFC方法需要10小时,与Illumina/Bio-Rad方法相当。WaferGen方法只需要7小时。

成本也各不相同。从细胞捕获到文库制备,WaferGen方法大约花费3,100美元,每个细胞约为3美元,而Illumina/Bio-Rad方法大约花费1,200美元,每个细胞的成本在1美元至4美元。Fluidigm HT-IFC方法花费2,500美元,均摊到每个细胞上的成本大约为3.13-6.25美元,而96 IFC方法的成本为2,000美元,每个细胞高达20.83美元。

研究小组最终得出结论,每种单细胞RNA测序方法都各有优势,需要用户自己来权衡。同时,Ashton指出,这项研究也存在一些限制,包括批次影响,因为样品并不是同时运行的。研究结果将于近期发表。(生物通 薄荷)

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