大规模癌症图谱之二：癌症的非整倍性

　　

泛癌症图谱（Pan-Cancer Atlas）作为癌症基因组图谱（TCGA）的收官项目，其目标是整合出不同肿瘤的TCGA数据，然后对这些数据进行分析和解释。如今，第一批的结果已经出炉。研究人员将在细胞出版社（Cell Press）旗下杂志上发表25篇论文。

在《Cancer Cell》杂志上发表的第二篇文章中，研究人员讨论了非整倍性与各种癌症之间的关联。非整倍性，包括整条染色体或染色体臂的不平衡，被认为是所有癌症的普遍特征。在此，研究人员描述了非整倍性与TP53突变、体细胞突变率以及增殖基因表达之间的相关性。

研究人员首先对样本进行非整倍性评分，这个分数反映了染色体臂的总数以及拷贝数改变。 然后，根据位置和长度对每条臂上的体细胞拷贝数改变（SCNA）进行分类。若改变的平均长度大于80％，则被认为是阳性的，反之被认为是阴性的。

之后，他们将此方法应用在10,522个癌症基因组上，这些来自TCGA泛癌症数据集，覆盖33种癌症类型。他们利用Affymetrix SNP 6.0芯片获得DNA拷贝数。 最终确定40多万条染色体臂和超过17.5万条染色体的SCNA状态。

最后，他们计算出每个样本的非整倍性分数。据介绍，非整倍性分数与基因组改变的比例高度相关。他们还发现，非整倍性与免疫信号基因的表达呈现反相关。染色体臂水平的改变反映出癌症特异的模式。“这项研究定义了癌症非整倍性的基因组和表型相关性，并为研究染色体臂非整倍性提供了一种实验方法，”作者写道。

在同期发表的另一篇文章中，匹兹堡大学领导的团队绘制了20种癌症中的长链非编码RNA（lncRNA）的表观遗传图谱。通讯作者是匹兹堡大学的助理教授Da Yang。

研究人员探索了6,475个肿瘤和455个癌细胞系中编码lncRNA的基因。 他们观察到1,006个lncRNA基因在癌症中反复发生低甲基化，包括EPIC1基因，其过表达与管腔B型乳腺癌患者的预后不良相关，并在体外和体内促进肿瘤生长。

他们还展示了EPIC1如何像致癌性lncRNA一样发挥功能，它与MYC蛋白相互作用并促进细胞周期的进展。“这些发现扩展了已知的MYC激活机制，并有望通过EPIC1来开发针对MYC的治疗方法，”作者写道。（生物通 薄荷）

原文检索

Genomic and Functional Approaches to Understanding Cancer Aneuploidy
DOI: https://doi.org/10.1016/j.ccell.2018.03.007

lncRNA Epigenetic Landscape Analysis Identifies EPIC1 as an Oncogenic lncRNA that Interacts with MYC and Promotes Cell-Cycle Progression in Cancer
DOI: https://doi.org/10.1016/j.ccell.2018.03.006