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m6A甲基化的整体研究思路:m6A课题如何设计

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2018年05月15日 来源:联川生物

摘要:

  今天的文章将围绕m6A甲基化的整体研究思路展开,详细解析m6A课题设计中两个重点思路,一起来学习吧~

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今天的文章将围绕m6A甲基化的整体研究思路展开,详细解析m6A课题设计中两个重点思路,一起来学习吧~

关于m6A甲基化的研究,目前有多种思路可供选择。无论是前期开展预实验还是申请基金,可以从如下图1中的研究流程图展开。当然根据研究方法或研究思路可以与本文所述内容有所不同,针对所提的研究方法可以根据自身实验设计进行延伸和拓展。


 图1 m6A甲基化研究思路流程图

思路1 老数据二次挖掘

第一步:先从原有的表达谱芯片数据或转录组数据中,挖掘到差异表达的甲基化酶;
第二步:对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进行qPCR验证,并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变;
第三步:在细胞(动物模型可选)中对这些酶进行敲低和过表达,进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况,并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平;
第四步:继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片,分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化;
第五步:找到甲基化酶调控的靶基因,进行敲低和过表达,看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救;
第六步:在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后,对靶基因上的motif进行点突变后进行验证;
第七步:鉴定新型的甲基化酶(可选)。

思路2 研究甲基化修饰差异基因

第一步:直接进行m6A-seq和转录组测序,找到时间顺序或差异表达的基因并用qPCR、WB等方法验证,此外找到m6A有差异的基因;
第二步:对甲基化酶进行敲低和过表达,检测RNA整体的m6A水平,之后可进行转录组或小RNA测序等方法检验甲基化酶敲低和过表达对mRNA或miRNA整体的影响,并着重研究第一步中感兴趣的m6A有差异的靶基因;
第三步:对靶基因进行敲低或过表达,是否能够对甲基化酶异常表达后的表型进行恢复;
第四步:对靶基因上motif进行点突变后进一步确认直接受到甲基化酶调控;
第五步:鉴定新型的甲基化酶(可选)。

今天的内容讲完啦,大家记得收藏好慢慢学习哦~

下期预告:m6A甲基化整体研究思路之m6A相关SCI论文发表要求分类汇编

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