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三代全长转录组研究,SMART技术不做幕后玩家![新品推荐]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2018年06月13日 来源:生物通

摘要:

  在RNA反转录成cDNA的过程中,通过SMART技术的重要解决方案之一SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit就可以准确、灵敏、快速实现。它不仅在二代测序有非常耀眼的表现,在三代测序扮演的角色同样不同凡响!

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二代测序技术横空出世以来,高通量、低成本的特点使其迅速在生物、医学等领域掀起了一场新的技术革命。

知名生物公司Takara通过不遗余力的探索,倾力推出核心技术——SMART技术,并将二代测序作为重要的应用领域,不断开拓了包括单细胞RNA-Seq、皮克级总 RNA-Seq、表观遗传学、免疫组学等研究的应用,全力打造NGS文库构建的“江湖地位”!

但二代测序虽如猛虎,也有软肋。受限于测序数据读长短,二代测序转录本组装过程可能会存在较多的嵌合体,限制了在可变剪切方面的研究应用;同时由于不能准确获得完整转录本信息,存在错误拼接等问题。正是存在上述的痛点,越来越多的研究人员转向第三代测序技术,例如行业黑马--PacBio公司的单分子实时测序技术。三代全长转录组测序,即采用PacBio测序平台对某一物种的转录组进行测序分析,超长的读长,直接获得完整转录本,无需拼接,弥补了二代转录组测序的缺陷!

在RNA反转录成cDNA的过程中,通过SMART技术的重要解决方案之一SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit就可以准确、灵敏、快速实现。它不仅在二代测序有非常耀眼的表现,在三代测序扮演的角色同样不同凡响!作为PacBio官方认证的cDNA合成试剂盒,SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit为cDNA合成这一步骤提供有力的保障、有效的确保三代全长转录组研究的顺利进行!

SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit值不值得您种草,看小编划好的重点,相信好的“武器”,可以助您驰骋科研道路!

重点一:构建全长cDNA!

由于cDNA合成容易受到模板RNA二级结构的影响,传统方法合成的cDNA,基因5'端通常未能全部存在保留。使用SMART技术结合长距离PCR合成扩增的cDNA,是被富集的全长cDNA。

重点二:无需接头连接!

与传统的方法如adaptor连接方法相比,SMART技术优势之一RNA模板5'末端的转换机制,该技术在cDNA第一链合成的过程中,巧妙且高效地将一段已知序列加入到合成的cDNA两端,不需要adaptor连接,效率更高。

重点三:降低降解风险!

整个SMART流程在一个tube中的单酶反应,有效降低潜在的降解风险!

重点四:多个应用方向!

人类相关研究中的RNA

研究案例:从慢性骨髓性白血病人的外周血和骨髓取样,利用SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit结合PacBio测序,获得BCR-ABL1融合基因中突变的克隆分布的完整信息。

参考文献:L Cavelier ,et al. Clonal distribution of BCR-ABL1 mutations and splice isoforms by single-molecule long-read RNA sequencing[J]. Bmc Cancer, 2015

植物相关研究中RNA

研究案例:对玉米不同组织取样利用SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit进行cDNA合成,利用PacBio进行测序,获得全面的全长转录组信息,阐述了玉米基因表达的复杂性。

参考文献:Olson A, et al. Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing[J]. Nature Communications, 2016

动物相关研究中RNA

研究案例:对红喉蜂鸟的肝脏组织,利用SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit进行cDNA合成,后续进行PacBio测序,首次完成对禽类的特定组织进行全长转录组测序分析,进一步解析红喉蜂鸟的独特的新陈代谢机制。

参考文献:Workman R E, et al. Single molecule, full-length transcript sequencing provides insight into the extreme metabolism of ruby-throated hummingbird Archilochus colubris[J]. BioRxiv, 2017

更多产品信息,请点击以下连接:cDNA合成SMARTer试剂

 

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