乳腺癌全转录组关联分析发现新的风险基因

美国范德堡大学和澳大利亚昆士兰医学研究所领导的研究团队利用全转录组关联分析方法，找到与乳腺癌存在明显关联的48个基因。这项成果于6月18日发表在《Nature Genetics》上。

　　

生物通报道  美国范德堡大学和澳大利亚昆士兰医学研究所（QIMR Berghofer）领导的研究团队利用全转录组关联分析方法，找到与乳腺癌存在明显关联的48个基因。这项成果于6月18日发表在《Nature Genetics》上。

研究人员利用近12.3万名乳腺癌患者和近10.6万名对照的遗传预测基因表达谱，来搜索与乳腺癌相关的位点和基因。乳腺癌这种疾病虽经过十几年的全基因组关联研究，但仍有大量的遗传可能性无法解释。

根据基因型组织表达（GTEx）项目和癌症基因组图谱（TCGA）的现有基因表达数据，研究小组查看了病例和对照中数千个基因的表达谱，揭示34个之前发现的乳腺癌风险基因和14个新的候选基因。

“我们的研究发现多个有待进一步功能鉴定的候选基因，”通讯作者之一、QIMR Berghofer 的癌症研究人员Georgia Chenevix-Trench说。

去年曾经有一项乳腺癌的全转录组关联分析（TWAS）结果在《PLOS Genetics》杂志上发表。它通过数万名病例和对照的关联分析，发现了5个与乳腺癌存在关联的基因。这一次，研究人员开展了更大规模的TWAS研究，包含122,977名欧洲裔乳腺癌病例和105,974名对照。

研究小组利用67名GTEx参与者的转录组和基因型图谱以及TCGA评估的肿瘤和正常样本的表达信息，根据基因型来预测个体的基因表达。他们搜索了8,597个与乳腺癌存在潜在关联的基因，发现48个基因的预测表达谱与乳腺癌风险相一致，其中14个基因是之前未曾关注的。

接着，他们又开展了数量性状位点分析、GWAS目标预测分析、基因通路研究和体外功能分析，以便更好地了解在乳腺癌发展过程中可能“误入歧途”的一些生物学过程。通路分析突出了凋亡和免疫系统相关通路的重要性，例如，对乳腺细胞中候选基因的系统性敲低导致细胞增殖和克隆形成下降，而对照基因的敲低未检测到这一结果。

“我们开展的沉默实验表明，许多鉴定出的基因可能是乳腺癌的风险因素，它们影响细胞增殖和克隆形成能力，这是癌症的两大标志，”研究人员总结道，并指出“这些基因的进一步鉴定将为乳腺癌的生物学和遗传学提供更多见解。”（生物通 薄荷）

原文检索

A transcriptome-wide association study of 229,000 women identifies new candidate susceptibility genes for breast cancer

Nature Genetics (2018)