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Fluidigm推出全新的单细胞应用,实现精准的免疫分析

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2018年07月12日 来源:生物通

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  这个名为T-ATAC-seq的新应用能够测定染色质的开放区域(ATAC)以及T细胞受体(TCR)报告基因表达,有望为免疫系统的发育及其在人类疾病中的作用带来新见解。

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生物通报道  Fluidigm公司自2012年推出C1™单细胞全自动制备系统以来,现已实现众多的单细胞应用。这家公司还在继续扩展C1的应用菜单,于本周推出全新的双模式单细胞应用。

这个名为T-ATAC-seq的新应用能够测定染色质的开放区域(ATAC)以及T细胞受体(TCR)报告基因表达,有望为免疫系统的发育及其在人类疾病中的作用带来新见解。

C1系统利用Fluidigm独有的微流体技术来捕获和处理每个单细胞,最大限度提高分子检测的灵敏度。将C1与C1 Open App™应用相结合,研究人员还能够实现传统单细胞mRNA测序以外的新颖应用。

如今,许多研究人员都希望了解全基因组范围的染色质开放区域,同时测定RNA表达。斯坦福大学的Ansuman Satpathy博士利用C1 Open App的开放协议和脚本开发功能,开发出T-ATAC-seq方法,能够同时测定单细胞中特定受体的序列和表观基因组状态。

这一篇题为“Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling”的论文于今年4月发表在《Nature Medicine》上,而操作脚本也可以从Fluidigm Script Hub™中获得。研究人员在T细胞白血病组织上应用T-ATAC-seq方法,以鉴定癌症克隆特有的表观基因组特征。

Satpathy博士表示:“T-ATAC-seq通过同时测定单细胞内的T细胞受体序列和染色质开放区域,获得了前所未有的T细胞分子视图。C1 Open App系统实现了这项技术的开发,我们在计算机上轻松设计纳升级的单细胞反应,在Script Builder™中执行它们,并在实验室中检验它们。”

据介绍,T-ATAC-seq是在C1系统上实现的第21种单细胞方法,其他方法包括RNA测序、靶向基因测序、miRNA分析、基因组测序、外显子组测序和表观遗传学应用等。Script Hub上的应用对C1研究社区开放,并与任何C1系统兼容。每个应用包括实验方案、参考数据、脚本和文献链接。

Fluidigm的CEO Chris Linthwaite表示:“C1系统提供了360度的细胞视图,为世界各地的实验室以单细胞分辨率深入鉴定细胞表型奠定了基础。与Satpathy合作开发的这一新应用证明了C1系统能够通过多组学检测实现新一代的单细胞分析。”(生物通 薄荷)

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