升级版环形RNA数据库

【字体: 时间:2018年09月12日 来源:马普研究所

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  杨力研究组发表了题为“CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”的文章,通过整合分析多物种环形RNA数据,发布了升级版的环形RNA数据库CIRCpedia v2

  

中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所的杨力研究组发表了题为“CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison”的文章,通过整合分析多物种环形RNA数据,发布了升级版的环形RNA数据库CIRCpedia v2(http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/)。

这一研究成果公布在国际学术期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上。

升级版的环形RNA数据库CIRCpeida v2共收录了6个物种(包含人、小鼠、大鼠、斑马鱼、果蝇和线虫)中超过180个样品的环形RNA计算分析结果。主要通过CIRCexplorer2和 MapSplice计算流程统计获得了262,782个环形RNA分子,其中包括73,972个可变反向剪接事件。

使用者可通过检索和下载模块获取环形RNA基因组坐标、表达水平、可变反向剪接、人鼠保守性等多样化信息,通过浏览模块在基因组上图形化查看环形RNA具体表达模式,并通过新的在线分析工具对不同样品中的环形RNA开展比较分析。

这一升级版的环形RNA数据库网站为环形RNA研究提供了一个全面和综合性的平台,为深入开展环形RNA功能研究提供了数据支持和理论依据。

杨力研究组长期从事RNA组学研究,通过合作研究系统揭示内含子互补配对序列对环形RNA表达的关键作用(Zhang et al., Cell 2014; Zhang et al., Cell Rep 2016);表明不同顺式内含子互补配对序列间的竞争性配对可以导致环形RNA的可变反向剪接,进而从一个基因位点产生多个环形RNA分子(Zhang et al., Genome Res 2016);通过系统衡量不同物种中顺式作用元件对环形RNA生成的作用,阐明人基因组中所蕴含的大量内含子Alu序列是环形RNA在人中高表达的主要原因之一(Dong et al., RNA Biol 2017);发现反式作用蛋白因子NF90/NF110对环形RNA表达调控和功能作用的新机制(Li et al., Mol Cell 2017);并多次发表应邀综述,系统总结环形RNA的生成加工及其潜在生物学功能的最新进展(Yang, WIREs RNA 2015; Chen and Yang, Trends Cell Biol 2017; Li et al., Mol Cell 2018)。

该项研究在杨力研究员指导下,由计算生物学研究所研究助理董瑞博士(现为Harvard大学博士后)、硕博连读研究生马旭凯和李国卫共同完成,并得到了国家基金委和中科院的经费支持。

原文标题:

CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Comparison

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022918302596
 

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