Nature Genetics：50万人基因组分析完成真正的GWAS筛选

全基因组研究确定了常见肠道疾病背后的潜在基因，为未来的治疗提供信息。

　　

生物通报道：许多40岁以上的成年人在他们的肠道内会出现一个小的鼓状囊，被称为食管憩室(esophageal diverticula) 。这些小室通常是无害的，但对于一些人来说，这些小室可能会疼痛发炎或感染，需要用抗生素治疗，甚至在严重的情况下，需要手术切除结肠。

目前，还没有人知道是什么原因导致这种结肠憩室病，来自密歇根医学院的一名结肠直肠外科医生Lillias Maguire，M.D希望能弄清楚其中的机制。

“大家普遍都怀疑这种疾病是由饮食引起的，”Maguire说，“比如憩室病可能与低纤维有关，因为食用典型西方饮食的人相对容易出现便秘。”

但研究表明，憩室病往往是遗传性的，在同卵双胞胎发现这种疾病的可能性比异卵双胞胎更高。这指出了其中可能存在遗传成分。

为了了解更多信息，她找到了Elizabeth Speliotes博士，他们合作通过全基因组关联研究寻找这种疾病的基因。这一研究发表在Nature Genetics杂志上。

大规模分析

全基因组关联研究（GWAS）是一种功能强大的工具，可以用于分析具有遗传和环境成分，且不直接从父母传给孩子的复杂病症的遗传学。这种研究依赖于大量基因组样品——越多越好。

“人体基因组如此之大，因此无法在1000人甚至5000人群中完成真正的GWAS，”Maguire说。

幸运的是，英国生物库中包含有超过50万位年龄在40至69岁之间的人的遗传和医疗信息，这是一种前所未有的资源，来自世界各地的科学家们都在试图解开心脏病，癌症和痴呆等常见疾病背后的遗传学。

“通过GWAS，我们寻找与基因相关个体特有的基因组中的变体，”Maguire说，“它们并不一定能确定基因突变，但能帮助我们指向基因组中一个附近有多个基因的区域。”

建立新的联系

利用英国生物库中的样本，研究人员发现了42个与99个靶标基因相关的基因组定位，他们认为这要归功于样品数量。

“然后我们进行了大规模的统计分析，看看哪些突变与憩室病密切相关，”Maguire说。

但这并不意味着这所有42个基因座都具有重要意义。她补充说，样本的数量意味着一些基因座只是噪音而已。

于是他们将英国生物库中的42个基因座与密歇根基因组学项目样品进行比较，发现两种共有8个基因。

这些基因具有强烈的相关性，“我们确定了结缔组织细胞的基因，以及与其他结缔组织，还有疝气和其他疾病，如动脉瘤性血管疾病相关的通路，”Maguire说。

也许最终他们将能揭示憩室病这种疾病起源的起点。

“也许通过进一步分析靶标，我们可以找到一个答案，并开发药物或疗法，这比取出一块结肠或给人们反复进行抗生素治疗更好，”她说。

原文标题：

Genome-wide association analyses identify 39 new susceptibility loci for diverticular disease